Принят был «Энотикон» также в Антиохии и Иерусалиме. В то же время Антиохийский патриарх Пётр Гнафей (485–489 гг.), противопоставляя себя халкидонатам, ввёл чтение Символа веры в чин литургии и пение монофизитского добавления к Трисвятому «Распныйся за ны». Папа Римский Симплиций (468–483 гг.), к которому уехал свергнутый православный Александрийский патриарх Иоанн Иоанн I Талайя, узнав о восстановлении общения патриарха Акакия с Петром III Монгом, потребовал от Константинополя разъяснений: Рим отказывался признавать Петра III Монга из-за его общения с Петром Гнафеем. Патриарх Акакий не ответил. Новый папа Римский Феликс III (483–492 гг.) отправил посольство в Константинополь, но Акакию удалось привлечь послов на свою сторону, и в их присутствии имя Александрийского патриарха Петра III Монга было внесено в диптихи. Папа Римский был разгневан, результатов посольства не признал и объявил Константинопольского патриарха Акакия низложенным. В ответ Акакий вычеркнул имя папы Римского Феликса III из диптихов (484 г.). После смерти патриарха Акакия (489 г.) и императора Зинона (491 г.) новый император Анастасий I Дикор (491–518 гг.) оказался сторонником status quo в рамках «Энотикона» и попытался провести на Римский престол своего ставленника, но это в полной мере не удалось, и Рим до конца его правления оставался верен своим требованиям открытого признания Халкидонского собора и анафемы патриарху Акакию. Патриарх Евфимий I (489/490 – 495/496 гг.), подозревавший императора в монофизитских симпатиях, был отстранён и сослан; такая же судьба постигла и его преемника патриарха Македония II (395/496 – 511 гг.), хотя и принявшего поначалу «Энотикон», но отказавшегося потакать монофизитской партии, имевшей огромное влияние при дворе. При папе Римском Гормизде (514–523 гг.) попытки Константинополя преодолеть раскол с Римом оставались безрезультатными: папа стоял на прежних позициях – признания Халкидонского собора и томоса Льва I Великого, анафематствования патриархов Нестория, Евтихия, Тимофея II Элура, Петра Гнафея, Петра III Монга и Акакия. Преемник патриарха Тимофея Иоанн II Мелис (496 – 505/507 гг.) поддержал требование православных об анафеме Севиру, а смерть покровительствовавшего последнему императора сделала торжество православной партии неминуемым. Сразу после воцарения Юстина I (518–527 гг.) Севир бежал из Константинополя. От патриарха Иоанна требовали восстановить авторитет Халкидона и предшествующих патриархов, и вскоре на литургии стали поминать четырёх святых Вселенский собора, патриархов Евфимия и Македония, а также Римского папу Льва I. В столице был созван Собор, провозгласивший примирение с Римом. В 519 г. в Константинополь прибыли папские легаты, имевшие с собой составленное в ультимативной форме послание (libellus) папы для безусловного подписания патриархом: от него требовалось анафематствовать его предшественников по кафедре, среди которых были не только Несторий с Акакием, но и Евфимий, и Тимофей, почитавшиеся восточными православными почти как святые. Под нажимом властей патриарх Иоанн был вынужден пойти и на это, что привело к повсеместным волнениям на православном Востоке и осложнило отношения с Римом. Однако формально раскол был преодолён.