Кирпичная ограда с башнями возведена во второй половине XVII – XVIII вв., над её южными вратами существовала церковь Рождества Богородицы (1756 г.; разрушена в 1930 гг.). На рубеже XVIII–XIX вв. по проекту Родиона Родионовича Казакова (1758–1803 гг.) перед Святыми вратами была выстроена одна из самых высоких в Москве каменных колоколен (уничтожена в 1930 гг.), во втором ярусе которой 25 октября 1803 г. освящена церковь во имя Симеона, сродника Господня. Другие здания конца XVII – XIX вв. частью сохранились (настоятельские покои, 1690 г.; братский корпус начала XVIII в.; духовное училище, 1810–1814 гг.), частью снесены (церковь мученика Евграфа – усыпальница Молчановых, 1874 г.). В XIX в. в Андрониковом монастыре сохранялся святой колодец, ископанный, согласно монастырскому преданию, преподобным Андроником. Сохранились некоторые надгробия некрополя XVI–XIX вв. (музей Андрея Рублёва, Донской монастырь). На территории монастыря археологических материалов ранее XIII–XV вв. пока не обнаружено, культурный слой нарушен кладбищем XVII–XIX вв. и поздним строительством. Некрополь XV–XVII вв. развивался в XVIII–XIX вв. особенно быстро и постоянно охватывал новые участки. Памятники с него убраны в 1920 гг., территория в настоящее время мало изучена (в 2000 г. начаты археологические исследования участка северо-западной угловой башни ограды и братского корпуса). В конце XIV – XV вв. Андроников монастырь являлся значительным центром книгописания, где был создан ряд больших кодексов, в том числе небогослужебных. В книгописании одновременно могло участвовать не менее восьми человек. Между 1392–1406 гг. была переписана «Книга о постничестве» Василия Великого (музей Андрея Рублёва), в 1403 г. – Изборник Симеона-Святослава, непосредственно со списка 1073 г. (Исторический музей), в 1406–1407 гг. – Златоструй, в 1416 г. – Евангелие-тетр (Исторический музей), около 1461 г. со Златоструя была изготовлена копия для кремлёвского Успенского собора, дополненная минейным Торжественником и статьями Маргарита, в 1462 г. переписана Триодь Цветная. Все монастырские рукописи за исключением Евангелия отличаются практически полным отсутствием иллюминации. Позднейшая история книгописной мастерской Андроникова монастыря остаётся неизученной, судьба библиотеки неизвестна. Сохранился ряд памятников, происходящих из Андроникова монастыря: палица с изображением «Сошествия во ад», 1438–1439 гг. (музей Андрея Рублёва), хоругвь «Спас Нерукотворный», вторая половина XVII в. (музеи Московского Кремля), палица «Спас Нерукотворный», конец XVII (?) – XIX в. (музеи Московского Кремля), икона «Преподобные Андроник и Савва Московские», вторая половина XIX в. (Спасский собор Андроникова монастыря).