В XIX в. в Армянской  католической церкви наряду со стремлением к сотрудничеству с Римом проявилось также и противоположное направление. Ряд иерархов и значительная часть общины выступали за укрепление широкой автономии Армянской  католической церкви, хотя и при безусловном её подчинении папе Римскому. Наиболее открыто противоречия внутри церкви проявились в 1860 гг., во время конфликта вокруг деятельности патриарха Антония Петра IX (Хассуна). С 1860 г. Антоний Пётр IX занимал пост архиепископа Константинополя и зарекомендовал себя как сторонник Запада. В 1866 г. после смерти патриарха Григора Петра VIII Антоний Пётр IX был избран на патриарший престол в Бзуммаре при сохранении за ним Константинопольской кафедры. Он перенёс действующую патриаршую резиденцию в район Галаты в Константинополе. В 1867 г. при поддержке Антония Петра IX папа Римский Пий IX (1846–1878 гг.) выпустил буллу «Reversurus» по вопросу о статусе Армянской  католической церкви, в которой резко ограничивались права её автономии. Впредь отменялось право самостоятельного выбора патриарха, и для всех епископов устанавливался пятилетний срок паломничества в Рим «ad limina apostolorum». Такой пересмотр прав Армянской  католической церкви явно противоречил её статусу, утверждённому в XVIII в., и вызвал протест большинства общины. Противостояние в Армянской  католической церкви также усугублялось тем, что состоявшийся вскоре первый Ватиканский собор (1869–1870 гг.) принял догмат о непогрешимости папы, и это делало постановления буллы «Reversurus» фактически неотменяемыми. В 1872 г. партия противников новой политики святого престола избрала вместо Антония Хассуна на патриарший престол Армянской  католической церкви Иоанна Купеляна, архиепископа Диярбакыра (Турция). Антоний Хассун был изгнан, и возглавляемая Иоанном Армянская  католическая церковь отказалась признавать решения первого Ватиканского собора. Раскол между Армянской католической церковью и Римом продолжался до 1879 г., когда патриарх Иоанн Купелян был признан папой Римским Львом XIII, а Антоний Хассун смог вернуться на свою Константинопольскую кафедру. Нуждавшаяся в постоянной поддержке Рима Армянская  католическая церковь не могла долго противостоять политике пап на ограничение её прав и была вынуждена согласиться с требованиями престола святого Петра. В XX в. значение Армянской  католической церкви для армянского христианства существенно снизилось. Во время геноцида армян в 1915 г. наряду с представителями общины Армянской Апостольской церкви погибло около 30 тыс. армян-католиков. Геноцид и позднейшие революционные события в Турции привели к исчезновению армянских католических епархий на территории этой страны. Кроме того, в связи с развитием богословского диалога и сотрудничества Римско-католической церкви с ближневосточными церквами развитие Армянской  католической церкви во многом потеряло для Рима свою политическую актуальность.