Через два месяца после прибытия миссии на острове Кадьяк была заложена деревянная церковь Воскресения Христова. Первым священником этого храма стал иеромонах Афанасий. Миссионеры крестили множество алеутов, эскимосов и других жителей полуострова Аляска. На острове Кадьяк была открыта школа для детей. Иеромонах Макарий трудился на Алеутских островах, иеромонах Ювеналий – в глубине континента, где принял мученическую кончину 29 сентября 1796 г. на озере Илиамна. Епископ Иркутский, Нерчинский и Якутский Вениамин (Багрянский), которому поступали доклады миссии, сообщал в Санкт-Петербург о её успешной деятельности и обращении в православие более 6 тыс. коренных жителей. В целях укрепления миссии Святейший Синод учредил 19 июля 1796 г. Кадьякское викариатство в составе Иркутской епархии и постановил рукоположить на Аляску епископа. 10 апреля 1799 г. в Иркутске глава миссии архимандрит Иоасаф (Болотов) был хиротонисан во епископа Кадьякского. На обратном пути в Америку судно «Феникс» с миссионерами попало в шторм и затонуло у берегов Аляски. Вместе с епископом Иоасафом погибли иеромонах Макарий и иеродиакон Стефан. На протяжении последующих сорока лет епископа на Аляску не назначали. В 1803–1807 гг. Аляскинскую миссию возглавлял корабельный священник иеромонах Гедеон, которому было поручено уладить конфликт между Российско-Американской компанией в лице первого главного правителя русских поселений в Америке Александра Андреевича Баранова и миссионерами, обвинявшими руководство компании в эксплуатации местных жителей и их спаивании. Иеромонах Нектарий (рукоположённый в 1806 г. во священника) из-за болезни вернулся в Россию, в 1823 г. умер монах Иоасаф. В 1823 г. Святейший Синод постановил закрыть миссию, но император Александр I не утвердил этого решения. В 1825 г. иеромонаха Афанасия сменил священник Фрументий Мордовский. На Алеутских островах продолжил миссионерский подвиг монах Герман. Его жертвенная жизнь и бескорыстная забота об алеутах снискали ему среди них искреннее уважение. Скончался он 13 декабря 1837 г. на острове Еловом. 9 августа 1970 г. Герман Аляскинский был прославлен в лике преподобных Православной церковью в Америке. Большой проблемой для миссии в 1815–1823 гг. было отсутствие достаточного числа священнослужителей. Из Иркутска продолжали присылать на Аляску священников, но истинного усердия, подобно первым миссионерам, они не проявляли. Требы и богослужения совершались крайне нерегулярно, крещение часто осуществляли миряне.