Религиозная политика Юстиниана не отличалась строгой последовательностью, однако против остатков язычества он боролся решительно. Язычество уже было запрещено эдиктами Феодосия Великого, но фактически оно сохранялось еще во многих местностях – в Египте, Сирии, Финикии, Малой Азии, особенно в Греции. Хотя храмы были все закрыты или уничтожены, но обряды тайно исполнялись внутри домов, и правительство, во избежание больших хлопот, закрывало глаза на нарушение указов. Юстиниан не хотел терпеть таких послаблений. Он объявил существование язычества недопустимым, предписал всем креститься, упорствующих лишал всех служебных и гражданских прав и ставил их вне закона, грозя не только лишением имущества, но и смертью. Для выполнения своего предписания он применял террор в столице и в провинциях.

Обращение в христианство осуществлялось огнем и мечом. Поэтому большинство приверженцев язычества подчинилось из выгоды или страха. Полному запрещению подверглось всякое распространение старых доктрин путем преподавания. Здесь главным образом пострадал последний оплот эллинизма – афинская школа. Юстиниан уже в 529 г. предписал ее закрыть, конфисковать ее богатое имущество, изгнать профессоров и запретить преподавание философии. Уничтожение афинской школы стало наглядным пределом между веками свободного развития мысли в рамках греко-римской философии и наступлением эры византийского вероисповедного просвещения. Константинополь сделался центром новой христианской цивилизации. И хотя поверженных сторонников античной философии победители провожали злыми эпиграммами, торжествующая вера в дальнейшей разработке своего богословия не осталась чуждой великих идей эллинизма, и новая культура продолжала черпать вдохновение в традициях прошлого.

Юстиниан считал себя продолжателем великого культурного дела Рима и всегда желал стоять во главе цивилизованного государства. Это видно уже из его настойчивого стремления восстановить единство между странами. Путем этого соединения ему казалось возможным возрождение когда-то составлявшего силу Римской империи всемирного хозяйственного обмена. Юстиниан стремился к тому, чтобы создать из Константинополя огромный центр промышленности и торговли, от древних культурных государств дальней Азии до варваров европейского Запада и африканского Юга. Но искусственные мероприятия не могли поднять экономическую энергию стран. Государственные монополии, которые насаждались правительством, не давали обществу свободы в хозяйственной сфере и не могли вызвать энтузиазма в населении, подавленном опекой.

Что же касается образования, то Юстиниан относился враждебно только к философии, чувствуя в ней силу эллинизма, который он сознательно ненавидел как опору язычества. Он поддерживал науку там, где христианству удалось уже наложить на нее руку, например, в высших школах Константинополя и Александрии, где философские академии превращались в органы разработки и пропаганды признаваемых властью богословских доктрин. Оставалось только наблюдать за преподаванием и материально поддерживать распространение правоверных идей, не давая хода еретическим направлениям. Философия вырождалась в теологию, классическая риторика – в духовное красноречие. Таким образом, под сенью государства совершался переход античной науки в средневековое просвещение.