При папе Льве IX (1049–1054 гг.) и патриархе Михаиле Керуларии (1043–1054 гг.) совершился окончательный разрыв Церквей. Папа Лев IX тщетно требовал возвращения римской кафедре всех земель, перечисленных в так называемом Константинопольском даре и находившихся во власти императора, а Михаил Керуларий поручил епископу Охридскому (т.е. болгарскому) Льву составить послание с перечислением и осуждением латинских новшеств и послать его епископу Иоанну Транийскому. К упрекам, сделанным Фотием, были прибавлены новые, особенно против обычая употреблять для евхаристии опресноки. Послание было показано кардиналу Гумберту, который перевел его на латынь и показал папе, а тот отослал письмо патриарху, требуя объяснений, «как осмелились произносить приговор над кафедрой, которую не позволено судить никому из смертных». Император и патриарх вначале отвечали в примирительном тоне, но в мае 1054 г. в Константинополь прибыли легаты: Гумберт, Петр, епископ Амальфи и Фридрих Лотарингский, кардинал и канцлер римской Церкви. По настоянию императора, студийский игумен Никита Стифат в присутствии легатов сжег свое полемическое сочинение, направленное против латинян, хотя это был только ответ на еще более резкое сочинение Гумберта («Диалог») против послания Льва Охридского. На сожженное сочинение Гумберт отвечал новым, крайне бранным. Все это повело к тому, что хотя император Константин Мономах стоял за легатов, приказывал переводить и распространять в народе сочинения Гумберта, всем стало ясно, что Рим ставит ультиматум: безусловная покорность или разрыв. Оскорбленный патриарх 15 июня 1054 г. отказался продолжать переговоры. На другой день легаты положили всенародно, во время богослужения, на престол храма св. Софии акт отлучения патриарха и его партии, полный грубейших обвинений и бранных слов, и 17 июня уехали из Константинополя. Тогда Керуларий созвал Собор, который произнес анафему против легатов и разослал окружное послание, предостерегая весь Восток от церковного общения с Римом. С этих пор во всех восточных Церквах перестали поминать папу при богослужении.

Когда читаешь бесчисленные сочинения «против латинян», написанные после разделения Церквей византийцами и православными славянами, создается впечатление, будто все разделение произошло из-за мелких дисциплинарных и обрядовых различий, которым, по слепой злобе и невежеству, было придано принципиальное значение. У Фотия таких различий указано 10, у Керулария их 20, другие насчитывают даже 250. Но эти различия были известны задолго до разделения и сами по себе никогда не считались достаточной причиной для нарушения церковного общения, если только не касались догмата. Сам Фотий в письме к Николаю I от 861 г. оправдывает свое возведение прямо из мирян в патриархи тем, что восточный канон допускает это: так были поставлены Нектарий, Тарасий и Никифор. Указав ряд различий между Востоком и Западом, Фотий говорит: «Ни от кого не требуется исполнения не принятого в его стране закона, лишь бы не нарушалась вера и вселенский канон». При всех попытках воссоединения стороны очень быстро соглашались признать за каждой стороной ее практику, и единственными, но непреодолимыми преградами являлись неизменно главенство папы и учение об исхождении Святого Духа. Все остальные разногласия – не причины разделения Церквей, а показатели, до чего дошло взаимное раздражение, и как тщательно одна сторона стремилась оберегаться от всякого соприкосновения с другой. До Пия IX существенными причинами разделения, кроме указанных, считалось еще католическое учение о значении добрых дел для спасения («пелагианство в Римской церкви») и в связи с ним учение о сверхдолжных заслугах святых, об индульгенциях и о чистилище. Пий IX, провозгласив на I Ватиканском соборе догматами мнения о непорочном зачатии Богородицы и о непогрешимости папы в вопросах веры, придал разделению Церквей еще два догматических основания.