Согласно этому указу, все населенные церковные земли передавались в ведение воссозданной в подчинении Сената Коллегии экономии, а монастырские и архиерейские крестьяне составили особую сословную группу экономических крестьян, близких по статусу к государственным. Епархии и монастыри по своей значимости подразделялись на три класса, в зависимости от принадлежности к которым им назначались штатные казенные оклады. На эти цели выделялась восьмая часть доходов от бывших церковных вотчин. Тем самым остатки удельно-вотчинного положения Церкви были практически полностью ликвидированы.

Однако секуляризация церковных вотчин еще не означала ликвидации церковного землевладения как такового, поскольку обеспечить существование Церкви исключительно за счет казенного содержания оказалось невозможным. В 1797 г. Павел I императорским указом увеличил земельные наделы архиерейских домов до 60 десятин, а монастырей – до 30. В 1835 г. император Николай I узаконил приобретение монастырями и архиерейскими домами ненаселенных имений по особому разрешению без права их последующего отчуждения.

С 1765 г. при генеральном межевании казенных земель осуществлялось наделение землей приходских церквей. Тем не менее, проблему материального обеспечения приходского клира это не решало, и в 1842 г. начался его перевод на казенное жалованье. Однако ввиду недостатка средств к 1861 г. содержание из казны получала лишь половина приходского духовенства. С 1862 г. все вопросы финансирования приходов перешли в полномочие Главного присутствия по подготовке церковной реформы.

Еще одним важным последствием синодального строя явилось возникновение сословной замкнутости духовенства, которое, согласно «Законам о состоянии», наделялось особыми правами, т.е. освобождалось от подушной подати, военной службы и телесных наказаний, что резко отделило его от податных сословий, т.е. крестьян и мещан. Все это значительно возвысило статус духовного звания, но одновременно подчеркивало его служилый характер. Вступление в духовенство лиц так называемого «податного состояния» было весьма затруднено ввиду фискальных интересов казны.

Другим препятствием с начала XIX в. стало требование обязательного духовного образования. Между тем до 1867 г. духовные учебные заведения были закрыты для выходцев из податных сословий, что фактически сводило на нет пополнение духовенства извне. Закон «Об устройстве детей лиц православного духовенства» от 26 мая 1869 г. объявил детей церковнослужителей не принадлежащими по рождению к духовному ведомству, но корпоративные традиции и ведомственные интересы данного сословия не дали возможности реализоваться этим установлениям в полной мере.

Подводя итоги, можно отметить, что синодальная система церковного управления явилась своеобразным проявлением особого светского клерикализма. При этом он выразился не в подчинении государства и общества религиозной организации, а в попытке конфессионализации государством общественной жизни через несамостоятельную Церковь, нередко с помощью сугубо светских и административных методов.