Начиная со второй половины XIX в. синодальный состав сделался исключительно архиерейским, но вся реальная власть постепенно перешла к светскому государственному чиновнику – обер-прокурору Синода, должность которого была учреждена указом Петра в мае 1722 г. Вначале обер-прокурор являлся только контролером ведения синодальных дел с точки зрения их соответствия государственным интересам. Однако потенциал его власти, заложенный в петровской инструкции, оставался весьма значительным.

В 1817 г. император Александр I интегрировал Синод в структуру Министерства духовных дел и народного просвещения. Синод становился совещательным органом Департамента духовных дел объединенного министерства, в чьем ведении находились «суть вообще дела по части духовной всех религий». Хотя объединенное министерство просуществовало лишь до 1824 г., был создан прецедент возглавления высшего церковного управления светским лицом в министерском статусе, облеченным императорским доверием. Император Николай I, стремясь к стройности и четкости государственного управления, построенного на принципах единоначалия, расширил прерогативы обер-прокурора, который теперь стал во главе Ведомства православного вероисповедания. В структуре этого ведомства Синод оказался на вторых ролях, из его ведения были изъяты все финансово-хозяйственные дела и вопросы духовного образования, переданные департаментам, подчиненным непосредственно обер-прокурору. Таким образом, если церковные реформы XVIII в. покончили с политической самостоятельностью Церкви, то в XIX в. светская бюрократия полностью взяла на себя управление церковными делами.

Соответствующим образом происходило преобразование епархиального управления. В 1744 г. были созданы духовные консистории, заменившие прежние Архиерейские приказы. Они состояли из Присутствия, формируемого по выбору архиерея из духовенства епархии, и канцелярии из чиновников-делопроизводителей во главе с секретарем консистории. Право окончательного решения по всем вопросам, рассматриваемым Присутствием, принадлежало епархиальному архиерею. В случае же его несогласия с мнением консистории дело поступало в Синод, где решающую роль играла канцелярия консистории, подведомственная канцелярии обер-прокурора.

Секретарь консистории, ответственный перед обер-прокурором и выступавший в качестве его полномочного представителя при местном архиерее, становился ключевой фигурой епархиального управления, поскольку именно от него зависело рассмотрение того или иного вопроса. Так из вспомогательных учреждений при архиереях духовные консистории сделались органом контроля за ходом всех епархиальных дел.

Уже с начала XVIII в. церковные земельные владения, юридически оставаясь в собственности архиерейских кафедр и монастырей, фактически попали в распоряжение светских правительственных органов. Первоначально таковым был Монастырский приказ, преобразованный в 1725 г. в Камер-контору синодального правительства, а затем составивший «второй апартамент» Синода. В дальнейшем данное учреждение под разными названиями находилось в структуре Синода или Сената вплоть до указа Екатерины II от 26 февраля 1764 г. «О разделении духовных имений».