Особую важность приобретает, как и в иных произведениях послепленного периода, тема заслуженности наказания, испытанного Израилем. Вопрос места «Книги пророка Захарии» в иудейском библейском каноне в современных исследованиях и комментариях связан, прежде всего, с историей формирования корпуса 12 пророков. Большинство учёных полагают, что первая часть «Книги пророка Захарии» была включена в корпус незадолго до его окончательной фиксации, однако несколько раньше, чем вторая часть. Упоминание «Захарии, сына Варахиина» в Мф. 23:35 представляет значительные трудности для толкования исследователями. Обличая книжников и фарисеев, Иисус Христос предрекает, что они убьют посылаемых Им «пророков, и мудрых, и книжников» и на них «придёт... вся кровь праведная, пролитая на земле, от крови Авеля праведного до крови Захарии, сына Варахиина», которого они «убили между храмом и жертвенником» (Мф. 23:35). Слова «сына Варахиина» отсутствуют как в параллельном месте Лк. 11:51, так и в тексте Евангелия от Матфея в Синайском кодексе. Исследователи делали многочисленные попытки отождествить убитого «между храмом и жертвенником» Захарию с различными персонажами Священной истории. 1. Пророк Захария, автор «Книги пророка Захарии». Очевидный на первый взгляд вывод о том, что здесь речь именно о нём (ср.: Зах. 1:1), не находит поддержки среди исследователей, в первую очередь, по той причине, что ни в Ветхом Завете, ни в межзаветной литературе не говорится о его мученической смерти. 2. Священник Захария, сын Иодая. Во второй книге Паралипоменон сообщается, что он был убит с согласия царя Иоаса «на дворе дома Господня» (2 Пар. 24:20–22); значительная часть исследователей полагает, что слова Христа в Мф. 23:35 и Лк. 11:51 так или иначе связаны именно с этим Захарией. 3. Захария, отец Иоанна Крестителя (Лк. 1). Его убийство описано в «Протоевангелии Иакова», где сообщается, что во время избиения младенцев Елисавета, мать Иоанна, унесла его на гору, а Ирод требовал от Захарии его выдачи, угрожая смертью. Захария свидетельствует, что Господь примет его душу, ибо Ирод прольёт его «неповинную кровь в преддверии храма». Исследователи высказывали предположения, что рассказ об этом убийстве был составлен под влиянием 2 Пар. 24:20–22. 4. Захария, сын Варахиин. Упоминается пророком Исаией как один из взятых им «свидетелей» (Ис. 8:2). Речь здесь идёт, как полагают исследователи, не об авторе «Книги пророка Захарии», жившем значительно позже, а о том, что отсутствуют какие-либо указания, кроме имени, позволяющие связать этого Захарию со словами Христа. 5. Захария, сын Варуха (возможно, Варахии). О его убийстве зилотами рассказывает Иосиф Флавий. Отождествление его с тем Захарией, о котором говорит Христос, исследователи считают также маловероятным, поскольку восстание зилотов произошло на несколько десятилетий позже (тем не менее, этот текст Иосифа Флавия учитывается исследователями Мф. 23:35).