Исследователи отмечают, что ряд популярных (в широких неакадемических кругах) гипотез о связи кумранских документов с ранним христианством основан на убеждённости их авторов в том, что тексты Кумранской общины в аллегорической форме рассказывают об истории раннего христианства. Примером такого подхода исследователи называют работы Роберта Айзенмана, ставшие основой для многих литературных бестселлеров на данную тему. Исследователи отмечают, что данная теория основана на предположении о том, что авторы кумранских текстов с помощью своеобразной игры слов аллегорически зашифровали известные исторические события, так что для точного понимания сказанного исследователь должен употребить всю необходимую фантазию. Роберт Айзенман рассматривает Иисуса Христа с Его последователями и кумранитов как представителей «цадокидского» движения (среди них также Ездра, Иуда Маккавей, Иоанн Креститель и брат Иисуса Иаков), которое отождествляется им с антиримским движением зилотов. Внешнее сходство наименований «Учитель праведности» и «Иаков Праведный» (последнее значительно более позднее) исследователи называют отправной точкой для дальнейших обобщений Роберта Айзенмана: отождествив обе исторические фигуры, он интерпретирует фрагмент как комментарий на гонения против «Иакова Праведного» со стороны первосвященника Анана II, который в этом случае идентифицируется с «Нечестивым священником». «Расшифрованные» таким образом кумранские документы должны, кроме того, свидетельствовать об иудейско-христианско-зилотской полемике с апостолом Павлом, который рассматривается как отступник от иудаизма и сторонник римлян (Р. Айзенман идентифицирует с апостолом другого противника «Учителя праведности» и его общины, названного в кумранских документах «Лживым человеком»). Ещё более фантастическая модель была создана австралийским кумранистом и автором романов Барбарой Элизабет Тиринг. Как и Р. Айзенман, она защищает позднюю иродианскую датировку рукописей Мёртвого моря, но «Учителя праведности» отождествляет уже с Иоанном Крестителем, а «Нечестивого священника» и «Лживого человека» (в кумранских текстах это две разные фигуры) – с Иисусом Христом (результат такого отождествления – эксцентричный роман о жизни Иисуса Христа). Кумранские и евангельские тексты рассматриваются здесь как аллегории. Аргументом, разрушающим эти реконструкции, служит датировка источников, установленная строгими научными методами. Уже ранний палеографический анализ кумранских рукописей исключил возможность их отнесения к христианскому времени, эти результаты в целом подтвердил радиоуглеродный анализ (Б. Тиринг считает, что даже рукописи с «иродианским» письмом должны быть отнесены к I в. до н.э.). Таким образом, кумранские тексты не могут рассматриваться как зашифрованное свидетельство о ранней христианской истории, никто из известных исторических фигур первохристианской общины в свитках не упоминается. Вопрос о влиянии кумранитов или ессеев на раннее христианство ставился также в связи с описаниями жизни первой иерусалимской общины.