Выводы о влиянии представлений Кумранской общины на содержание четвёртого Евангелия были подвергнуты жёсткой критике Й. Фреем. Он сформулировал ясный и очевидный критерий оценки соответствий Евангелия от Иоанна текстам Кумранской общины: эти соответствия не должны соотноситься ни с библейскими текстами, ни с синоптическими Евангелиями, ни с теми документами Кумранской общины, авторство которых не принадлежит кумранитам. Ни один из традиционно выделяемых «дуалистических» терминов в Евангелии от Иоанна, в которых исследователи усматривают влияние Кумранской общины, не отвечает этому критерию. Так, выражение «сыны света», хотя и не встречается в Ветхом Завете, используется у апостола Павла (1 Фес. 5:5) и синоптиков (Лк. 16:8), а также в Еф. 5:8. Даже если допустить, что эти тексты подразумевают знакомство с понятием «сыны света» как с самоназванием Кумранской общины, тезис об авторе Евангелия от Иоанна как о носителе идей Кумранской общины теряет остроту. Впрочем, против данного аргумента исследователи указывают на то обстоятельство, что понятие «сыны света» в Евангелии от Луки, первом Послании Фессалоникийцам и Послании к Ефесянам не несёт той же смысловой нагрузки, что в Евангелии от Иоанна, где противопоставление света и тьмы – один из главных смыслообразующих топосов. В то же время помимо параллелей в Новом Завете выражение «сыны света» встречается в документе, авторство которого исследователи не связывают с Кумранской общиной. Кроме того, как предположил Р. Бокем, символизм света в Евангелии от Иоанна представляет собой развёрнутую интерпретацию, с одной стороны, пророческих текстов об «эсхатологическом свете», прежде всего Ис. 9:2 (тексте, который цитируется прямо в Мф. 4:16 и имплицитно – в Лк. 1:79), с другой стороны, «Шестоднева» с его идеей света, сияющего во тьме (Быт. 1:2–4, ср.: Ин. 1:5: «И свет во тьме светит, и тьма не объяла его»). Выражение «Дух истины» исследователи не встречают ни в Ветхом Завете, ни в синоптических Евангелиях, ни в остальных новозаветных текстах, однако оно употреблено в «Завещаниях двенадцати патриархов» (завещание Иуды, 20:1–5), а также в «Пастыре» Ермы (Й. Фрей исходит из предпосылки о том, что автору данного текста не было известно Евангелие от Иоанна). С учётом того обстоятельства, что понятие «Дух истины» несёт в Евангелии от Иоанна совершенно другую смысловую нагрузку по сравнению с «Уставом общины», тезис о непосредственном влиянии кумранского фрагмента и связанной с ним традиции на Евангелие от Иоанна теряет всякое основание. Выражение «дух святости» / «святой Дух», напротив, широко засвидетельствовано в Ветхом Завете (Ис. 63:10–11; Пс. 50:13) и в Посланиях апостола Павла (Рим. 5:5; 15:13, 16; 1 Кор. 6:19; 2 Кор. 6:6; 13:13; 1 Фес. 1:5–6; особый интерес для исследователи представляет выражение «дух святыни» в Рим. 1:4, которое буквально передаёт еврейское понятие, что не позволяет исследователи использовать его для соотнесения Евангелия от Иоанна с «Уставом общины».