Дуалистические представления членов Кумранской общины привлекли внимание исследователей в связи с проблемами не только внешнего влияния на иудаизм эпохи Второго храма, но и религиозного и философского контекста Евангелия от Иоанна. После введения в научный оборот кумранских текстов исследователям стало ясно, что тезис об эллинистическом характере четвёртого Евангелия требует пересмотра. Для многих ключевых понятий Евангелия от Иоанна были найдены параллели в текстах Кумранской общины. Прежде всего, это – понятия, связанные с оппозициями света и тьмы, истины и лжи, жизни и смерти: хождение во свете и хождение во тьме (Ин. 12:35, ср. также: 11:9–10), сыны света (Ин. 12:36; оба выражения («ходить во свете/тьме», «сыны света») представляют собой явные семитизмы), «свидетельствовать о Cвете» (Ин. 1:7–8), «злые дела» и «дела правды» («люди более возлюбили тьму, нежели свет, потому что дела их были злы. Ибо всякий, делающий злое, ненавидит свет и не идёт к свету, чтобы не обличились дела его, потому что они злы; а поступающий по правде идёт к свету, дабы явны были дела его, потому что они в Боге соделаны» (Ин. 3:19–21); см. также: Ин. 7:7), дела Божьи (ср.: Ин. 10:25, 37–38; 14:10–12), которые противопоставлены делам дьявола (Ин. 8:38, 41), «жизнь вечная» (Ин. 3:16, 36; 6:47). В контексте этих оппозиций упоминается «гнев Божий» («верующий в Сына имеет жизнь вечную, а не верующий в Сына не увидит жизни, но гнев Божий пребывает на нём» (Ин. 3:36)). Сюда же исследователи относят текст Ин. 8:41–45, которому соответствует кумранитское представление о «сынах Белиала», распространявшееся не только на язычников, но и на евреев, не принимающих учение Кумранской общины. С кумранитскими дуалистическими оппозициями связаны также такие ключевые понятия, как «дух правды» и «дух святости» («святой дух»), которые исследователи соотносили с учением Евангелия от Иоанна о Духе истины и Духе Святом. Исчерпывающий перечень контекстов, содержащих слова «свет» и «истина» в Евангелии от Иоанна и в «Уставе общины» соответственно представлен в исследованиях Р. Брауна и Чарлзуорта. Поскольку значительная часть кумранитских параллелей с Евангелием от Иоанна зафиксирована в пассаже о двух духах в «Уставе общины», Р. Браун и Чарлзуорт даже пришли к заключению, что этот пассаж стал основополагающим текстом как для развития дуализма Кумранской общины, так и для «дуализма» Евангелия от Иоанна, который объяснялся непосредственным контактом евангелиста с Кумранской общиной или влиянием Иоанна Крестителя. Последний тезис исследователи расценивают как развитие гипотезы о связи Иоанна Крестителя с кумранитами, получившей широкое распространение. Предположение о взаимодействии четвёртого евангелиста с кумранитами достигло своей крайней точки в утверждении о том, что Евангелие от Иоанна было написано для ессеев.