1 июня 1954 г. митрополит Афанасий опубликовал объявление о продаже свитков в «Уолл-стрит джорнел», и сын Э.Л. Сукеника Иггаэль Ядин анонимно через американского посредника выкупил оставшиеся четыре свитка за 250 тыс. долларов. Таким образом, все рукописи, обнаруженные бедуинами в 1947 г., оказались собственностью государства Израиль (где вскоре был построен «Храм Книги» в Музее Израиля для хранения и демонстрации этих семи свитков). Археологическое исследование района Хирбет-Кумран началось лишь после окончания войны, в ходе которой западный берег реки Иордан, где расположены развалины Кумрана и близлежащие пещеры, перешёл под контроль Иордании. В 1949 г. солдат иорданской армии (по другой версии, бельгийский солдат из контингента войск ООН) сумел идентифицировать пещеру, после чего Иорданское управление древностями и иерусалимская Французская школа библеистики и археологии организовали раскопки (при содействии Американской школы исследований Востока). В ходе работ помимо дополнительных фрагментов семи рукописей, найденных ещё бедуинами, в пещере были обнаружены фрагменты 70 документов. После открытия в Хирбет-Кумране керамики, идентичной той, которая была обнаружена в пещере, археологи во главе с директором Французской школы библеистики и археологии доминиканцем Роланом де Во начали раскопки (см. в ст. Кумран). Работы (так же как и исследование купленных позже у бедуинов рукописей) производились под эгидой Иорданского управления древностями, возглавляемого в то время британцем Дж. Л. Хардингом. В январе-феврале 1952 г. археологические работы перенесли в район Вади-Мураббаата, где в пещерах также были найдены фрагменты рукописей (см. в ст. Мёртвого моря рукописи). В это время бедуины обнаружили в Кумране, к югу от первой пещеры вторую пещеру, из которой вынесли фрагменты ещё 33 рукописей. После того как стало ясно, что первая пещера не единственная, и остатки рукописей могут быть и в других пещерах, начались интенсивные археологические исследования района скалы, спускающейся к Мёртвому морю севернее и южнее Хирбет-Кумрана. В ходе разведок в апреле-мае 1952 г. исследователи обнаружили около 250 пещер, но лишь в одной из них оказались рукописи: так называемый Медный свиток (в двух частях) и фрагменты ещё 14 свитков (в 1956 г. «Медный свиток» был раскрыт в Манчестерском технологическом университете с помощью специально созданного для этого оборудования.) После того как разведки закончились, и археологи ушли из этого района, бедуины продолжили поиски и обнаружили в августе 1952 г. четвёртую пещеру с остатками почти 600 свитков. Эта пещера располагалась совсем недалеко от руин Кумрана. В ходе раскопок кумранского поселения археологи открыли несколько пещер (в 1952 г. и в 1955 г.) с остатками рукописей, а также пещеру со следами пребывания единственного жителя, среди них – остракон с двумя первыми буквами начертанного имени, при этом никаких фрагментов рукописей найдено не было. Кроме того, бедуины нашли ещё две пещеры: в сентябре 1952 г. западнее поселения – пещеру с остатками более 30 свитков, наконец, в 1956 г. – пещеру с более чем 20 рукописями.