Целью этой миссии было создание разработанной караимской историографии, которая давала бы право караимам соотносить себя с «большими народами». Во время поездок по Крыму, Кавказу, Палестине, Сирии и Египту (о его путешествии в Каир см. в ст. Каирская гениза) Аврахам бен Шмуэль Фиркович собрал уникальную коллекцию старинных еврейских рукописей, впоследствии переданную Императорской библиотеке в Сант-Петербурге. При всех грандиозных результатах миссии Аврахама бен Шмуэля Фирковича разработанная им историческая концепция происхождения караимов, по мнению исследователей, не выдерживает научной критики. Аврахаму бен Шмуэлю Фирковичу принадлежит тенденциозная гипотеза о том, что караимы являются потомками израильтян, переселившихся в Крым за несколько веков до н.э. и не имевших отношения к последующей иудейской истории. Основываясь на изучении караимских надгробий, Аврахам бен Шмуэль Фиркович пытался доказать, что города Солхат, Онхат и Села-ха-Йехудим были построены караимами задолго до н.э. К Аврахаму бен Шмуэлю Фирковичу также восходит идея о караимском вероисповедании хазар. Вторая половина XIX в. ознаменована рассеянием караимов по ряду западных и центральных губерний Российской империи. В 1852 г. для караимов была отменена черта осёдлости. Пользуясь предоставленной возможностью, многие караимы покинули свои города после Крымской войны (1853–1856 гг.). В результате расселения возникли караимские общины в Одессе, Киеве, Харькове, Екатеринославе (ныне Днепр), Москве, Санкт-Петербурге. Происходила интеграция караимов в жизнь российского общества. Появлялись караимские сочинения, написанные на русском языке. Первым таким произведением стала брошюра Соломона Абрамовича Бейма «Память о Чуфут-Кале» (Одесса, 1862 г.), обращённая к русской аудитории. Появилась русскоязычная литератуа для караимов: «История возникновения и развития караимизма» Исаака Иосифовича Синани (Симферополь, 1888–1889 гг., две части), исторический очерк «Караимы» Юфуда Давидовича Кокизова (СПб., 1898 г.). В 1911–1912 гг. караимские студенты Московского университета издавали ежемесячник на русском языке «Караимская жизнь». В 1913–1914 гг. в Вильне выходило периодическое издание на русском языке «Караимское слово»; позднее там же выпускался на польском языке журнал «Караимская мысль» (1924–1939, 1945–1947 гг.), публиковавший научные работы и сообщения о жизни караимской общины. После 1917 г. значительная часть караимов эмигрировала в Польшу, во Францию, в Германию и Турцию. Численность караимов сократилась на треть по сравнению с рубежом XIX и XX вв. (12 894 караимов в Российской империи согласно Первой всеобщей переписи населения 1897 г., 8324 караимов в СССР согласно Всесоюзной переписи населения 1926 г.). Численность караимов в СССР продолжала сокращаться из-за ассимиляции: по Всесоюзной переписи 1970 г., она составила 4571 человек, согласно Всесоюзной переписи 1989 г. – 2602 человека. По результатам переписи 2010 г. в России проживало 205 караимов. Численность караимов в Литве, согласно переписи 2001 г., составляла 252 человек. Караимская община Крыма, согласно переписи 2002 г., насчитывает 647 человек.