После окончания реконструкции лишь часть документов была возвращена в генизу, другие были закопаны рядом с синагогой или выброшены на свалку, какое-то количество отправили на захоронение на старое еврейское кладбище Бассатин в пригороде Каира. Европейские учёные стали активно интересоваться архивом Каирской генизы после ряда публикаций раввина С. Вертхаймера, который сначала приобретал рукописи для личной коллекции (в основном, литургические книги), но из-за финансовых трудностей был вынужден продать их Кембриджу (62 рукописи) и Оксфорду (239 рукописей; 1560 листов). В мае 1896 г. сёстры Агнес Смит-Льюис и Маргарет Данлоп Гибсон, кембриджские специалисты по сирийской литературе, проезжавшие через Каир и купившие несколько рукописей из Каирской генизы, показали их преподавателю талмудической литературы в Кембридже Соломону (Шломо) Шехтеру, который идентифицировал среди них еврейский оригинал «Книги премудрости Иисуса, сына Сирахова», который считался прежде утерянным. Соломон Шехтер известил о своём открытии А. Нойбауэра, и тот вскоре нашёл ещё девять листов этого памятника в собрании Бодлианской библиотеки. А. Нойбауэр и его помощник Артур Эмели Коули разобрали имевшийся в распоряжении Бодлианской библиотеки архив документов из Каирской генизы и наименее ценные, с их точки зрения, перепродали востоковеду и коллекционеру Элькану Натану Адлеру, который чуть раньше купил у руководителей иудейской общины и вывез в Великобританию целый мешок документов из Каирской генизы. В это же время между А. Нойбауэром и С. Шехтером развернулась борьба за первенство в открытии и исследовании еврейского оригинала «Книги премудрости Иисуса, сына Сирахова». С. Шехтер начал подготовку к экспедиции, чтобы выкупить и перевезти в Кембридж все оставшиеся документы в надежде найти недостающие листы этой библейской рукописи. Средства на эти цели были предоставлены кембриджским гебраистом Чарлзом Тейлором из Сент-Джонс-колледжа. В декабре 1896 г. сделка с руководством общины состоялась (С. Шехтер заплатил около 300 фунтов стерлингов), бóльшая часть собрания (200 тыс. листов) при помощи британского проконсула лорда Кромера была вывезена в Великобританию. Кроме того, в библиотеку Кембриджа поступила коллекция документов из Каирской генизы торговца древностями В.С. Раффаловича. Те рукописи, которые были закопаны вокруг синагоги, после отъезда С. Шехтера нашёл и отправил в Бодлианскую библиотеку граф Р. де Хюльст. Туда же поступило 917 рукописей от коллекционера Дж. Оффорда. Поскольку в библиотеке не хватало места для хранения архива, а кураторы стремились приобретать только памятники первостепенной важности (библейские, литургические, талмудические и раввинистические тексты), часть коллекции (неидентифицируемые фрагменты, амулеты, частная переписка, финансовые расписки, контракты и проч.) в 1907 г. была опять продана Элькану Адлеру. В 1923 и 1946 гг. частное собрание Э. Адлера было выставлено на торги, все документы оказались в США и составили ядро собрания Еврейской теологической семинарии в Нью-Йорке. В эту же библиотеку поступила личная коллекция С. Шехтера. 4 тыс. документов, попавших к торговцам древностями, выкупило семейство каирских иудеев Моссери (в настоящее время хранятся в Париже в их частном собрании).