Согласно Мишне, когда приходило время их череде служить, многие, не имея возможности идти в храм со священниками, собирались вместе в городах, постились четыре дня, с понедельника по четверг, читали Священное Писание (книгу «Бытие») и молились о принятии жертвы. Если даже эти сведения не являются исторически достоверными (в сочинениях Иосифа Флавия и в других источниках периода Второго храма не упоминаются «стояния»), они указывают, по мнению исследователей, на возможную связь между храмовым богослужением и синагогальными молитвами. Основные молитвословия и обряды синагогального богослужения изначально формировались вокруг ритуального чтения Писания. Хотя распространено мнение, что синагоги заменяли иудеям диаспоры храм, в который они могли попасть только во время редких паломничеств на праздники, ни литературные свидетельства, ни внутреннее устройство ранних синагог эту гипотезу не подтверждают. Долгое время идёт дискуссия о том, были ли синагоги местом молитвы до разрушения храма или нет. В надписях начиная с III в. до н.э. часто упоминаются иудейские «молельни». Однако ни пророк Даниил, ни благочестивый иудей Товия в «Книге Товита» ни разу не сообщили о посещении синагоги, хотя не имели возможности молиться в Иерусалимском храме, а молились дома. В Маккавейских книгах при описании гонений на иудеев не сообщается об осквернении синагог. В «Книге пророка Исаии» «домом молитвы» называется сам храм (Ис. 56:7; ср.: Мф. 21:13; Мк. 11:17). Тем не менее, Агатархид Книдский (II в. до н.э.) утверждает, что иудеи в Иерусалиме по субботам воздевают руки и молятся в своих «святилищах» до самого вечера. Исследователи полагают, что первые синагоги различались по статусу и функциям в странах диаспоры и в Палестине. В любом случае литургические тексты, которые использовались в синагогах в домишнаитский период, не сохранились. Попытки реконструировать синагогальные молитвы на основе материала христианских источников исследователи считают крайне сомнительными, поскольку: 1) контакты христианских общин с синагогами прекратились на раннем этапе, христиане изначально стали собираться отдельно от остальных иудеев; учитывая в целом негативное отношение новозаветных авторов к синагогам (в отличие от отношения к Иерусалимскому храму), первые христиане вряд ли нуждались в заимствовании или сохранении текстов из синагог; 2) христианские источники, на которых основаны реконструкции, в частности «Апостольские постановления», исследователи считают являются поздними компиляциями более ранних христианских сочинений; 3) синагогальный контекст содержащихся в них молитв после очищения от христианских наслоений для исследователей не очевиден; даже если допустить, что они имеют иудейское происхождение, они могли читаться не в синагогах, а на собраниях религиозных общин, подобных ессейским или фарисейским.