Сложнее дело обстояло с законами о чистоте, поскольку практика их соблюдения не была унифицирована и служила предметом жарких споров в период Второго храма. Расхождения в понимании заповедей о культовой чистоте ярче всего обозначились с появлением общины, документы которой были обнаружены среди кумранских свитков. Одним из следствий вавилонского пленения стало расселение иудеев в Передней Азии и Египте, а в эллинистическую эпоху – и по всему Средиземноморью, что привело к появлению диаспоры (рассеяния). Хотя вплоть до разрушения в 70 г. Иерусалимский храм оставался центром притяжения иудейской религии, а иерусалимское священство определяло магистральное направление развития, по мнению исследователей, в середине III в. до н.э. появилась новая институция – синагога («бет-кнессет» букв. – «дом собрания»), которая постепенно стала определять жизнь иудейских общин на местах. Происхождение синагоги и её ранняя история вызывают дискуссии среди исследователей. Ни поздние библейские книги, вошедшие в состав Септуагинты, ни ранние апокрифы (например, «Книга Юбилеев») ничего не сообщают о синагогах: и пророк Даниил, и благочестивый иудей Товия в «Книге Товита» ни разу не посещают синагогу, но молятся дома (не имея возможности молиться в Иерусалимском храме). Маккавейские книги, описывая гонения на иудеев, ни разу не сообщают об осквернении синагог. Однако в надписях начиная с III в. до н.э. довольно часто в иудейском контексте упоминаются молельни, дома молитвы. В I в. н.э. книги Нового Завета и Иосиф Флавий сообщают о существовании множества синагог в разных местностях (у исследователей есть сведения из Талмуда о том, что в Иерусалиме было 480 или 395 синагог), скорее всего, как полагают исследователи, основаны не на исторических данных, а на гематрии). В надписи Феодота, происходящей из Иерусалима и датируемой исследователями I в., говорится о синагоге как о месте изучения Писания и приёма паломников. Прежде было широко распространено мнение о том, что синагоги заменили иудеям диаспоры храм, в который они могли попасть только во время редких паломничеств на праздники. Однако ни литературные свидетельства, ни внутреннее устройство ранних синагог эту гипотезу не подтверждают. Некоторые учёные полагают, что синагоги изначально понимались не как здания, а как общины (по типу греко-римских объединений – коллегий), которые могли собираться в помещениях, предназначавшихся для иных целей, из-за чего ранние здания синагог исследователям трудно идентифицировать. По мнению Л. Ливайна, первые синагоги воспроизводили модель эллинистических публичных мест для собрания. Отсюда происходит различие в их статусе и функциях в диаспоре и в Палестине. Там, где евреи жили в языческом окружении и не имели возможности собираться на городской площади или у ворот, как это было принято в античном мире, здания синагог становились центрами религиозной жизни. Ранние раввинистические источники упоминают череды (маамадот) благочестивых мирян, соответствовавшие 24 чередам священников, по очереди служивших в Иерусалимском храме.