На протяжении большей части периода Второго храма (539 г. до н.э. – 70 г. н.э.) евреи находились под властью тех или иных языческих правителей: сначала провинция Иудея была инкорпорирована в структуры Персидской державы Ахеменидов (539–332 гг. до н.э.), затем находилась под властью эллинистических царей, египетских Птолемеев и сирийских Селевкидов (332–142 гг. до н.э.), а после небольшого периода политической автономии во время правления династии Хасмонеев (141–63 гг. до н.э.) перешла под власть римлян (с 63 г. до н.э.). Отсутствие у евреев своего царя, который прежде играл важную роль в храмовом культе, привело к тому, что религиозные лидеры (первосвященники) взяли на себя часть политических полномочий, представляя интересы иудейских общин перед властями. В источниках исследователи встречают упоминания о том, что на протяжении всего периода Второго храма при первосвященнике действовал некий совет старейшин, который именовался в греческих источниках герусией или синедрионом (отсюда евр. «синедрион» – «собрание»). Но о его полномочиях и составе точных сведений у исследователей нет. В 57–55 гг. до н.э., при римлянах, территория Палестины была разделена на пять округов с «синедрионами» во главе, обладавшими в том числе судебными полномочиями в решении вопросов, касавшихся религиозной жизни евреев. Исследователи отмечают, что об этих судах (Иерусалимском и местных) есть сведения в раввинистических источниках. Верховный синедрион в Иерусалиме (Великое собрание) играл ключевую роль в решении религиозных вопросов: «...Из Великого собрания Тора расходилась по всему Израилю». До разрушения в 70 г. Иерусалимский храм был в центре внимания всех иудейских общин и всех без исключения религиозных течений того времени. Правда, авторитет храмового священства был подорван связями храмовой верхушки с языческими правителями и увлечением эллинистической культурой. События периода Маккавейских войн привели к появлению альтернативных культовых центров (в частности, в Леонтополе в Египте (недалеко от Мемфиса)). Важным признаком принадлежности к иудейской религии оставалось обрезание (хотя к концу этого периода некоторые ставили под сомнение обязательность этого обряда), которое было знаком Завета с Богом и указывало на богоизбранность потомков Авраама, Исаака и Иакова. Только пребывание в Завете с Богом давало право на обладание землёй обетованной (Лев. 26; Втор. 32), а потому обрезание имело для евреев и политическое значение.