Первоначальное отнесение «Иосифа и Асенефы» к христианским сочинениям основывалось на наличии ряда значимых выражений, которые кажутся цитатами из Нового Завета: «хлеб жизни» (ср.: Ин. 6:48), «чаша благословения» (ср.: 1 Кор. 10:16), «книга жизни» (ср.: Флп. 4:3; Откр. 3:5; 20:12, 15; 22:19), «дар духа» (ср.: Деян. 2:38; 10:45), «дух мудрости» (ср.: Еф. 1:17; 1 Кор. 12:8), «дух истины» (ср.: Ин. 15:26; 16:13), «дух жизни» (ср.: Откр. 11:11; Рим. 8:2). Обращает на себя внимание исследователей выражение «девственник» применительно к Иосифу (ср.: Откр. 14:4). Иосиф именуется «первородным сыном Божьим» (ср.: Рим. 8:29; об Иисусе Христе). Однако у этих выражений есть прототипы в «Септуагинте» и межзаветной литературе, и уникальное сходство между апокрифом «Иосиф и Асенефа» и Новым Заветом исследователи объясняют общей идейной средой. По мнению исследователей, отдельные выражения могут быть интерполированы христианскими редакторами, но не центральные понятия и идеи, такие как надежда на всеобщее спасение и воцарение Бога над обновлённым человечеством, терпимость и открытость к язычникам, готовность прощать врагов, «не воздавать злом за зло», представление об уже наступившем «эсхатоне» (хотя Асенефа уже преображена в Град Убежища, но народы, обратившиеся к Богу, найдут в ней упокоение только в будущем), представление об уготованном для обратившихся «покое» или «месте упокоения» (ср.: Евр. 3–4), тождество обращения к Богу и сотворения нового человека. Особенностью эсхатологии «Иосифа и Асенефы» исследователи называют отсутствие описания гибели и уничтожения всех нечестивцев и врагов (на фоне спасения праведников) или умолчание об этом. В апокрифе «Иосиф и Асенефа» библейский образ женщины-города разделился на два образа – женщину и город, которые существуют параллельно в двух планах – земном и небесном, в настоящем и в уже наставшем будущем (ср. превращение скорбящей женщины в город в четвёртой книге Ездры: «...Внезапно просияло лицо и взор её, и вот, вид сделался блистающим... И вот, она внезапно испустила столь громкий и столь страшный звук голоса, что от сего звука жены поколебалась земля. И я видел, и вот, жена более не являлась мне, но созидался город, и место его обозначалось на обширных основаниях...» (3 Ездр. 10:25–27). Если христиане спасаются «во Христе» (букв. – «посредством» Христа), то в апокрифе «Иосиф и Асенефа» обратившиеся язычники спасаются «в Асенефе». При этом они спасаются не только метафорически «посредством Асенефы», но и буквально «в её стенах». Попытки истолковать сцену с сотом как евхаристическую или отражающую практику мистериальной инициации c заменой мёдом хлеба, вина и елея были подвергнуты критике. Параллель с Новым Заветом, в частности, с «Посланием к Евреям», имеет не предметный, но идейный характер (при всех существующих различиях). Так, в «Послании к Евреям» говорится, что священники каждый день приносят за грехи «кровь тельцов и козлов и пепел телицы» (Евр. 9:13), но грехи не иссякают, а «жертвы, и приношения, и всесожжения, и жертвы за грех» никогда не были угодны Богу (Евр. 10:8). Этим жертвам противопоставляется Христос как Первосвященник и Жертва; искупительная жертва Христа, «подъявшего грехи» мира, отменяет все перечисленные виды храмовых жертвоприношений и очищений.