В 129 г. до н.э. Иоанн Гиркан, продолжая политику предшествующих хасмонейских правителей, завоевал часть соседних территорий. Ему удалось практически восстановить еврейское государство в границах царства Давида. После шестимесячной осады он захватил Мадабу и некоторые окрестные города Заиорданья. В 128 г. до н.э. покорил Самарию, взял Сихем и разрушил самаритянский храм на горе Гаризим; подчинил прибрежные города, за исключением Газы, Аскалона и Птолемаиды. В 125 г. до н.э. напал на Идумею, захватил Хеврон, Адору (Адораим, ныне Дура), Мариссу и Эйн-Геди, жителей принудил принять иудаизм. Таким образом, под его контролем оказались важнейшие дороги региона: часть прибрежной дороги вдоль Средиземного моря (Via maris), а также так называемая царская дорога, связывавшая порты Красного моря и Дамаск. Когда в 108/107 г. до н.э. в Самарии (греческая колонии Севастии) началось восстание, Иоанн Гиркан приказал сыновьям Аристовулу и Антигону осадить город, который, несмотря на помощь селевкидов, был разрушен в 107 г. до н.э. В том же году состоялась последняя военная кампания Иоанна Гиркана, направленная против города Скифополя (эллинистической колонии на месте Беф-Сана) на границе с Галилеей. В ходе её была завоёвана вся Изреельская долина вплоть до горы Кармил (ныне Кармель). В начале правления Иоанн Гиркан опирался на религиозно-политическую партию фарисеев, мнение которых в толковании Священного Писания пользовалось большим авторитетом в народе. Сначала они поддерживали хасмонеев, но чем больше представление о власти последних сближалось с эллинистическим и вступало, таким образом, в противоречие с тем, что считалось правильным пониманием закона, тем больше фарисеи отдалялись от хасмонеев. Они критиковали хасмонейских первосвященников, в первую очередь, по причине их несадокидского происхождения. Распространился слух, что мать Иоанна Гиркана была в плену при Антиохе Епифане, и поскольку считалось, что сын женщины, оказавшейся в плену (согласно Лев. 21:13–14, «опороченной»), не мог быть первосвященником, то легитимность хасмонейских первосвященников с точки зрения Моисеева законодательства оказывалась сомнительной. Это подрывало авторитет Иоанна Гиркана. В итоге он запретил под страхом наказания исполнять все предписания фарисеев о соблюдении закона.