В V в. император Зинон выстроил на Гаризиме церковь Богородицы. В 529 г. император Юстиниан I обнёс её стеной для защиты от нападений самарян. По утверждению самарян (это предание отмечает еврейский путешественник Биньямин из Туделы; вторая половина XII в.), стена была воздвигнута из камней, на которых Иисус Навин начертал заповеди закона Моисея (Нав. 8:32). После арабского нашествия VII в. какое-либо строительство на Гаризиме прекратилось. Гаризим по сей день остаётся священной для сохранившейся немногочисленной самарянской общины (около 1 тыс. человек). У подножия горы, в Наблусе, есть самарянская синагога, откуда трижды в год, на праздники Пасхи, Пятидесятницы, Кущей, в ознаменование исполнения предписаний закона посвящённые служению «общества Господня» при сакральном центре (Исх. 23:14–17; 34:23; Втор. 16:16) совершают паломничества к её вершине. Вершину Гаризима неоднократно изучали путешественники XIX в. Археологические раскопки руин церкви Богородицы эпохи императора Зинона и ограды с угловыми квадратными башнями (Эль-Кала, т.е. цитадель), построенной Юстинианом, провёл А.М. Шнайдер. В 1964 и 1966 гг. экспедиция Мак-Кормикского университета (руководитель Р.Дж. Булл) изучила остатки двух фаз строительства храма Зевса на северном склоне Гаризима (Телль-эр-Рас), в том числе знаменитую лестницу в 300 ступеней, ведущую от храма в долину и достигавшую окраины Сихема. Ниже храма открыты остатки сооружений с иной планировкой, датируемые не раньше эпохи эллинизма. По мнению исследователей, это следы самарянского храма IV в. до н.э., разрушенного в эпоху Маккавеев, на остатках которого поставил храм Юпитера император Адриан. Эти руины оставались открытыми до нового этапа, который начался с раскопок Ицхака Магена (в 1983–1990 гг. и позднее). И. Магену удалось полностью реконструировать основные строительные фазы, принадлежащие классической самарянской эпохе, языческому римскому периоду и христианскому времени. Было доказано, что на вершине Гаризима существовало хорошо укреплённое святилище, по типу напоминавшее акрополь, а окружавшие более низкие возвышенности с севера, юга и запада были плотно заселены и застроены, образуя посёлки вокруг священного участка. Это строительство относят к эпохе Антиоха III Великого (223–187 гг. до н.э.), хотя, как полагают исследователи, оно имело место на главной вершине Гаризима уже в III в. до н.э. К укреплённым воротам священного участка вели две лестницы. Внутри город имел хорошо продуманный план с центральной улицей и застроенными жилыми домами кварталами. При раскопках было собрано много камней от зданий с надписями (арамейскими и еврейскими) и масса расколотых костей овец (возможно, следы жертвоприношений). Однако предметы роскоши или импорта не нашли, несмотря на то что археологически доказаны связи храма на Гаризиме с внешним миром: две из надписей, найденных на острове Дилос, упоминают приношения «в священный храм на горе Гаризим» (250–175 и 150–50 гг. до н.э.). Северный район застройки вне акрополя имел протяжённость около 150 м и достигал Телль-эр-Раса, также заселённого в эллинистический период. В основе её защитных стен позднеэллинистического и византийского периодов просматриваются более ранние сооружения, возможно, второй фазы железного века (900–586 гг. до н.э.).