В слое VII (IX в. до н.э.) перестроили старые ворота; их разрушение датируется концом слоя VI (возможно, ассирийским царём Тиглатпаласаром III в 734/733 г. до н.э.). В то же время был уничтожен дворец к западу от верхних ворот, а камера примыкавшей к стене тюрьмы заполнена мусором разрушения, в котором много железных наконечников стрел. Слой V (VII в. до н.э.) малоинформативен. Ворота были снова перестроены, на этот раз в двухпролётные типа Мегиддо III. Вскоре после этого их, а также дома полностью разрушили (видимо, при вавилонском вторжении VI в. до н.э.). Выше слоя V наступает разрыв, отчасти заполненный слоем IV, принадлежащим персидскому периоду (V–IV вв. до н.э.). Об эпохе Птолемеев (слой III) данных немного, но отпечатки штампов на керамике показали, что Гезер был заселён. Позже, примерно в середине II в. до н.э., городские ворота эпохи Соломона были вновь перестроены, причём отмечено падение качества строительства. Лучше представлена поздняя стадия эллинизма, эпоха Маккавеев (слои III–II, соответствующие III–II вв. до н.э.); её материалы подтверждают сведения источников, прежде всего, первой и второй Маккавейских книг. Особенно информативны свидетельства осады, взятия и восстановления Гезера. После долгой осады Симон Маккавей взял город, изгнал жителей, заново укрепил его и назначил правителем сына Иоанна Гиркана. Разрушения позднеэллинистической фазы связывают с войной Симона Маккавея, перестройку городских ворот и стен – с последовавшим восстановлением укреплений, активное развитие застройки – с умножившимся новым населением. Последняя фаза обитания определяется по монетам Деметрия II (около 144 г. до н.э.) и Антиоха VII (около 138–129 гг. до н.э.). В этом же слое найдено много ручек родосских сосудов и свинцовые гирьки. Дом Симона не удалось выделить, но считается, что его присутствие отражает граффити кого-то из жителей: «Пампарас (желает), чтобы пожар поразил дом Симона». Археологическим свидетельством политики иудаизации при Маккавеях являются найденные пограничные камни Гезера (их известно 11): на девяти процарапаны по-еврейски слова: «Граница Гезера», а на обороте – по-гречески имена землевладельцев, с которыми размежевались сторонники Хасмонеев (восемь надписей – «Алкион», две других – «Архелай» и «Алексий»). Камни очертили земли новой колонии (зона в 4 км, в северо-западном углу которой стоит сам город), отделив её от владений греков. С разрушением в конце II в. до н.э. история Гезера как крупного города Палестины завершилась. Слой I относится уже к эпохе Ирода и его потомков (конец I в. до н.э. – I в. н.э.). Византийский период также изучен только Р. Макалистером (гробницы IV–VI вв. н.э.). О персидском завоевании в VII в. свидетельствуют две монеты Хосроя II (около 614–628 гг.). В XIII в. местность ещё была слабо обжита, а затем заброшена.