Фарисеи стремились к распространению учености в народе, организуя изучение Торы. Наряду с саддукеями они были представлены в верховном органе политической, религиозной и судебной власти страны – Синедрионе, но после обретения Иудеей независимости в результате восстания Маккавеев влияние саддукеев при поддержке иудейских царей возобладало. Фарисеи полагали, что независимость должна быть только шагом в установлении Царства Божьего на земле, что привело их к многочисленным конфликтам с властями. Это вылилось в гражданскую войну, победа в которой царя Александра Янная сопровождалась жестокими расправами над фарисеями. Однако при правлении его вдовы Соломеи-Александры (76–67 гг. до н.э.) влияние на государственные дела перешло к фарисеям. С именем тогдашнего лидера фарисеев Шимона бен Шетаха связан ряд законов, во многом определивших последующие судьбы иудейских общин, в частности обязанности мужа при вступлении в брак давать жене письменное обязательство (кетубу) о выделении ей части имущества в случае своей смерти или при разводе. Вообще для фарисеев характерно приведение древнего, часто очень жесткого законодательства в соответствие с реальной жизнью. При этом они не отменяли формально положение письменного закона Торы, но обставляли его выполнение такими условиями и оговорками, что фактически делало его нереализуемым. Таким способом они добились, например, отмены смертной казни преступника. Есть основания полагать, что с фарисеями идеологически связаны и другие религиозно-политические движения в иудейском обществе эпохи Второго Храма. Характерно, что в новозаветной литературе Иисус Христос обличает фарисеев в лицемерии и тщеславии, но при этом его критика направлена только против их поступков, а не против их учения. Более того, апостол Павел, который до перехода в христианство был блестяще подготовленным иудеем Савлом и яростным гонителем христиан, на суде в Синедрионе с гордостью провозглашает: «Я фарисей, сын фарисея». В свою очередь, фарисеи, в отличие от саддукеев, на этом суде говорили о нем: «Ничего худого мы не находим в этом человеке». После разрушения Иерусалимского храма с исчезновением саддукеев и ессеев фарисейская традиция в иудейских общинах возобладала окончательно и определила дальнейшее развитие иудаизма.