В период железного века II (около 900 – 600 гг. до н.э.) площадь поселений на территории колена Ефрема уменьшилась, их число сократилось, появились крупные города, такие как Вефиль, Сихем, Гай и Силом (Хирбет-Сейлун) – важнейший культовый центр Древнего Израиля. Позднее он был разрушен филистимлянами и превратился в скромный посёлок, Сихем потерял статус столицы, в приграничных южных районах надела колена Ефрема поселения исчезли в ходе войны с Иудейским царством. В пророческой литературе Ефрем как собирательный образ всего израильского народа стал объектом обличений за отпадение от Бога и идолослужение. Для пророка Осии Ефрем стал образом разврата и упадка (Ос. 9:6–10), пророк обвинял Ефрема в отступничестве и идолослужении (Ос. 4:18–19; 5:3–4; 6:10; 13:1), высокомерии (Ос. 5:5; 9:16–17) и сребролюбии (Ос. 12:8). Основываясь на этимологии имени Ефрема, пророк Осия сопоставляет бывшее плодородное состояние и современное бесплодное (Ос. 9:11–14; 13:12–13). Пророк Исаия говорит о том, что «горе венку гордости пьяных Ефремлян, увядшему цветку красивого убранства его...» (Ис. 28:1–4). Но при этом Ефрем остаётся объектом привязанности и отеческой любви Яхве (Ос. 6:4; 11:1–9). Этот аспект двойственного отношения к Ефрему в позднейшей пророческой литературе раскрывается через тему божественного сострадания к покаявшемуся Ефрему (Иер. 31:18–20), где он становится воплощением надежды на то, что Господь прекратит пленение народа и восстановит обновлённый Израиль (Иер. 31:7–9; Иез. 37:15–23; Зах. 10:6–7). В иудаизме один из двух грядущих мессий должен был происходить из колена Ефрема (Таргум на Исх. 40:11). Традиционным символом колена Ефрема, как полагают исследователи, изображённом на его знамёнах (Числ. 2:18, 20), был чёрный буйвол (ср.: Втор. 33:17). Огромное количество представителей колена было уничтожено филистимлянами во время завоевания земли обетованной, так что кости павших лежали грудами вдоль дорог. Согласно Палестинскому Талмуду, именно эти останки будут воскрешены Богом по пророчеству Иезекииля (Иез. 37). В святоотеческой экзегезе проводилась параллель между включением Ефрема в число Израилевых колен и избранием апостола Павла в число 12 апостолов. По мнению Ефрема Сирина, благословение Иаковом меньшего из братьев вместо старшего брата должно знаменовать тайну, по которой «первенец Израиль будет умалён, как первородный Манассия, а языческие народы будут возвеличены, как младший Ефрем». «...Ефрем изображает народы языческие, которые спасены, потому что вера их возросла и умножилась паче веры народа еврейского, представленного здесь в образе Манассии». В том, как патриарх возложил руки при благословении (правая рука над левой), усматривается прообраз Креста Христова. Принятие Ефрема Иаковом, словно своего сына, служит прообразом того, как верующие посредством Христа усыновляются Богу Отцу. В словах Иосифа, обращённых к Ефрему при рождении (Быт. 41:52), содержится указание на новый молодой народ, образующий тело Христово, который не забывает своего Отца.