Примерно с VI в. до н.э. эти знаки для обозначения гласных стали появляться и в середине слова. Позднее для обозначения гласных стал использоваться «и». Последовательные системы для обозначения всех гласных еврейского языка были разработаны лишь в VII–IX вв. н.э. и отражают три фонетические нормы, принятые в Месопотамии (вавилонское произношение) и в Палестине (тивериадское и так называемое палестинское произношение). Со временем тивериадская система вытеснила остальные и используется по настоящее время. Она состоит из подстрочных и надстрочных знаков, где каждый согласный (за исключением конечного) снабжается специальным знаком, обозначающим следующий за ним гласный или его отсутствие. Cогласно традиции тивериадских масоретов в древнееврейском языке имеется 23 согласных фонемы. Шесть согласных фонем имеют по два варианта произношения (смычный и щелевой) в зависимости от положения в слове (в тивериадской системе эта разница на письме отмечается наличием или отсутствием знака дагеш – точки внутри буквы). В современной научной среде и учебной практике преподавания древнееврейского языка принято так называемое Рейхлиново чтение (по имени основателя христианской гебраистики Иоганна Рейхлина), основанное на сефардской традиции произношения, сложившейся в Средние века. Это произношение несколько отличается от характеристики древнееврейских согласных, которая является гипотетической реконструкцией масоретской фонологии. Тивериадская масоретская традиция в интерпретации средневековых еврейских грамматистов выделяет пять основных гласных, которые могут быть долгими и краткими, и четыре сверхкратких гласных. Исследователи предполагают, что тивериадские масореты зафиксировали произношение, в котором противопоставление гласных по долготе-краткости (по количеству) было утрачено, но имелось противопоставление по качеству, например, по открытости-закрытости. В современном произношении долгие, краткие и сверхкраткие звуки произносятся одинаково; ударение, как правило, на последнем слоге. В некоторых регулярных типах словоформ, а также в паузальных формах ударение смещается на предпоследний слог (смещение ударения может иметь различительную функцию: «она встала», «она стоит»). Самаритянская традиция произношения текстов Пятикнижия, как полагают исследователи, является более древней, чем масоретская. Однако система огласовки, в которой эта традиция зафиксирована, не отличается последовательностью и не считается надёжной, хотя и выглядит достаточно архаичной. Для истории еврейского языка важную роль играют многочисленные сохранившиеся греческие и латинские транскрипции имён собственных, географических названий и других слов из Ветхого Завета. Большая их часть датируется периодом III в. до н.э. – IV в. н.э. В первую очередь, это слова, оставшиеся без перевода в Септуагинте. Некоторые исследователи предполагают, что данные Септуагинты свидетельствуют о том, что в III–II вв. до н.э. в еврейском языке ещё имели место фонемы, которые впоследствии вышли из употребления. Предпринимались попытки создать грамматику домасоретского еврейского языка на основе палестинской огласовки и самаритянской традиции. В настоящее время эта задача не представляется разрешимой.