27 сентября 2001 г. ФБР обнародовало фотографии 19 террористов, сопроводив их информацией об их возможной национальности, возрасте и возможных прозвищах и псевдонимах. Расследование ФБР атак 11 сентября  стало самым большим расследованием за всю историю существования агентства, в операцию под кодовым названием PENTTBOM было вовлечено более семи тысяч сотрудников. Правительство США решило, что за теракты несет ответственность «Аль-Каида», возглавляемая Усамой бин Ладеном, после того как ФБР заявило, что доказательства причастности «Аль-Каиды» являются «ясными и неоспоримыми». Правительство Великобритании  пришло к такому же заключению. Объявление Усамой бен Ладеном джихада  против Америки, его фетва от 1998 г., а также другие многочисленные призывы к убийству американцев рассматривались как свидетельства того, что у него были существенные мотивы организации подобного террористического акта. Усама бен Ладен сначала опроверг свое участие в произошедших событиях, но впоследствии подтвердил его. 16 сентября 2001 г.  он заявил о своей непричастности к атакам в трансляции катарского телевизионного канала «Аль-Джазира». Эта речь транслировалась на всей территории США, а также по всему миру. Вероятно, это было факсовое сообщение – такое же или подобное сообщение за подписью Усамы бен Ладена было в тот же день кем-то прислано и в корпункт Исламской прессы Афганистана (AIP). Первая видеозапись с изображением Усамы бен Ладена появилась на канале «Аль-Джазира» только 7 октября (косвенное подтверждение этому находится в официальном списке канала «Аль-Джазира», посвященном сообщениям Усамы бен Ладена). В ней содержатся ультимативные пожелания в адрес США и высказано удовлетворение от действий террористов, но о своей причастности (или непричастности) он не сказал ни слова. До этого о непричастности Усамы бен Ладена официально заявил мулла Абдул Салам Зэйф, посол «Талибана» в Пакистане (13 сентября), неназванный ближайший помощник Усамы бен Ладена в Афганистане (12 сентября – по телефону палестинскому журналисту Джамалю Исмаилу, который является шефом Исламабадского бюро «Телевидения Абу-Даби»), а также якобы сам Усама бен Ладен в интервью, опубликованном 28 сентября в «Daily Ummat» (Карачи), какому-то неизвестному журналисту при невыясненных обстоятельствах. Были и другие заявления, сделанные от имени Усамы бен Ладена. Через несколько часов после взрывов его представитель в Европе шейх Омар Бакри Мухаммад заявил, что такие акции запрещены исламом, но из них можно извлечь ценные уроки, и предупредил о последствиях начала военной акции против Афганистана. Через неделю после событий, 18 сентября 2001 г., полномочный представитель Усамы бен Ладена Сулейман Абу-Гаят позвонил на ток-шоу катарского телеканала «Аль-Джазира» и выразил восхищение «мучениками», совершившими эти теракты, но отрицал участие «Аль-Каиды» в их подготовке и осуществлении. 24 сентября Усама бен Ладен отправил факс на телеканал «Аль-Джазира», в котором выражал скорбь по поводу смерти участников антиамериканской демонстрации в Карачи, ни словом не упомянув о событиях 11 сентября 2001 г. в Нью-Йорке, Вашингтоне и Пенсильвании. Несколько дней спустя, 28 сентября 2001 г., выходящая в Карачи исламистская газета на урду «Уммат» опубликовала текст беседы с Усамой бен Ладеном, где он отрицал всякую причастность к терактам. Достоверность слов всех источников до появления Усамы бен Ладена в эфире «Аль-Джазиры» 7 октября 2001 г. практически сложно проверить, к тому же в них содержатся прямые противоречия по отношению к предыдущим заявлениям и фетвам с его ультимативными требованиями в адрес США, которые формально можно рассматривать как угрозы. Однако в интервью, переданному в эфире «Аль-Джазира» 7 октября 2001 г., Усама бен Ладен, имея возможность прямо заявить о своей непричастности к этим событиям, не сделал этого. Кроме того, в этом интервью он произнес новые (в ультимативной форме) пожелания в адрес США, после которых Джордж Буш через свою пресс-службу заявил, что Усама бен Ладен фактически взял на себя ответственность за теракты.