Тем временем мекканцы помышляли о мести. Своим военачальником они избрали Суфайна, и тому удалось собрать войско, численность которого достигала 3000 человек. Эта армия в 625 г. двинулась на Медину. Мухаммад узнал о приходе  врага, когда тот был в нескольких часах хода от оазиса, поэтому в войске мусульман было не больше тысячи человек. Триста из них ушли от пророка еще до начала сражения, с остальными Мухаммад укрепился при Ухуде. Вначале мусульмане одерживали верх, прорвали строй мекканцев и начали грабить их лагерь. Заметив это, конница мекканцев врезалась в рассыпавшийся строй мусульман и обратила их в бегство. Сам пророк получил удар мечом по голове. На короткое время он даже лишился чувств. Это еще более усилило беспорядок – войско мусульман разбежалось, и мекканцы могли торжествовать полную победу. Неудачи вне города приходилось компенсировать внутри него. Мусульмане изгнали из Медины второе еврейское племя бану надир, старейшины которого будто бы готовили покушение на пророка. Так же, как и в предыдущий раз, селение евреев было осаждено, и те сдались после трехнедельной осады. Всю захваченную землю Мухаммад разделил между своими соотечественниками-мекканцами, отправившихся за ним в изгнание (мухаджирами). Изгнанные бану надир не сразу смирились с потерей свих земель, начали хлопотать о соединении всех врагов Мухаммада и вскоре преуспели в этом деле. Первыми на их призыв откликнулись мекканцы, которые на этот раз выставили более 4000 воинов. Их союзниками стали кочевые арабские племена, так что общая численность войска достигла 10 тысяч. Сборы такого числа воинов не могли остаться незамеченными. Мухаммад, заблаговременно знавший обо всем, сумел собрать около 3000 человек. С наиболее доступной стороны на севере от Медины мусульмане вырыли ров длиной 6 км, причем пророк вырыл свою часть наравне со всеми. В марте 627 г. мекканцы подошли к Медине и приступили к ее осаде. Десять дней прошло в мелких стычках, но осаждавшие, так ничего и не добившись, отступили. Мухаммад сразу после этого осадил селение третьего еврейского племени в Медине – курайза, которое вело переговоры с племенем надира и едва не перешло на сторону врага. Через две недели те сдались. На этот раз мусульмане поступили с евреями гораздо жестче: все мужчины были казнены, а женщины и дети обращены в рабов. В начале весны следующего, 628 г. Мухаммаду приснился вещий сон: будто он совершил паломничество в Мекку, и что ему передали ключи от Каабы. Он объявил об этом сне своим приверженцам и повелел им наряжаться в благочестивый поход. С ним вместе в паломничество отправилось более 1000 человек. Все они вместе и каждый из них поклялись пророку, что готовы умереть за веру. Однако до военных действий дело не дошло: в местечке Худайбийа состоялись переговоры с мекканцами, завершившиеся перемирием. Для переговоров с мекканцами Мухаммад отправил Усмана. Неизвестно, что больше повлияло на тех – уговоры уважаемого всеми Усмана, или страх перед новым сражением, но мекканцы согласились заключить мир с Мухаммадом на десять лет, хотя и не разрешили ему въехать на этот раз в город. Союзники мекканцев также получили право заключать договоры с Мухаммадом. Многие из ближайших соратников пророка недоумевали: что выиграли мусульмане от этого мира? Но Мухаммад всем своим видом выражал удовлетворение. Большой победой для себя он считал уже то, что его признали равноправной стороной, а разрешение союзникам мекканцев присоединиться к любой из сторон фактически означало раскол договорной системы, на которой держалось могущество Мекки. Не приближаясь к Каабе, он совершил все положенные обряды, принес жертвы и вернулся в Медину. Через два месяца после возвращения Мухаммад объявил поход на соседний с Мединой оазис Хайбар, где также было значительное число евреев. С ним отправилось около 1400 добровольцев. Хайбарцы не выставили объединенного войска, каждое селение защищалось самостоятельно, и, хотя сопротивление было упорным, весь оазис вскоре попал в руки мусульман. Местное население осталось на своих землях, но обязалось отдавать завоевателя половину своего урожая.