В шатровом стиле некоторых московских колоколен можно легко узнать минареты татарских мечетей. Однако во второй половине XVI в. (с завершением образования Московского государства в ее новых границах) начинается постепенный процесс вытеснения ислама из тех сфер общественной и культурной жизни, где он в той или иной форме привился ранее. Это было вызвано попытками московской аристократии (в том числе и, прежде всего, духовной) осмыслить новую политическую ситуацию и обосновать через религиозные символы и формы место Москвы в мировой христианской истории. Опора на антично-византийское духовное наследие сделала возможным укоренение в среде православного духовенства и части царского двора идеи самоидентификации через «поруганный» «неверными» Царьград (Константинополь), которая позднее нашла воплощение в известной идеологической формуле «Москва – третий Рим». Начинается инициируемый высшим московским духовенством курс на конфессиональную унификацию подданных русского государства. Однако международные интересы Москвы как столицы государства, имеющего договорные отношения со многими странами мусульманского Востока (во второй половине XVI в. к ним добавились дипломатические связи с Сибирским ханством – в 1559–1570 гг., с Персией – в 1586 г. и Бухарой – в 1597 г.), вынуждали царское правительство действовать гибко и проявлять осторожность в отношении мусульманского населения столицы. Московский посол в Турции Иван Новосильцев в 1570 г. в своем докладе османскому султану Селиму особо подчеркивал, что российский государь «не враг мусульманской веры», и правоверные «свободно и торжественно славят Магомета в своих мечетях, ибо у нас всякий иноземец живет в своей вере». В Земском Соборе 1613 г. активная поддержка семи казанских мурз сыграла не последнюю роль в избрании на московский престол царя Михаила Романова, о чем свидетельствует утвержденная Собором особая грамота с указанием их мусульманских имен. В XVII–XVIII вв. (вплоть до начала царствования Екатерины II) сфера бытования и распространения ислама в Москве, скорее всего, ограничивалась исполнением мусульманских обрядов и предписаний при дворах посольских миссий из Бухары, Хивы, Ургенча и других стран Востока. Согласно Соборному Уложению 1649 г. все религиозные верования неправославного толка допускались лишь в те области, где с их существованием приходилось мириться (например, при выполнении процедуры присяги по судебным и другим делам). При этом особо подчеркивалось, что православной церкви принадлежит исключительное право религиозной пропаганды в государстве. В царском указе 1681 г., принятом Иваном V (1666–1696 гг.), нетерпимое отношение к исламу приобретает характер государственной политической установки. Резко негативное восприятие мусульманской религии и всего, что с ней было связано, обусловливалось также постоянно возникавшими конфликтами в русско-турецких отношениях, которые нередко выливались в военное столкновение. Именно в этот период Москва начинает обретать облик города, в котором «сорок сороков церквей», становясь теократическим центром православия (теократия букв. – «власть Бога», т.е. соединение светской и духовной власти).