В 1988–1995 гг. в рубрике «Из духовной поэзии» печатались православные стихи русских поэтов XVIII–ХХ вв. Неизменно важной темой для ЖМП являются межправославные отношения: журнал систематически знакомит читателей с историей, с агиологией, с духовным опытом, со служением и с богословием поместных православных церквей, с их святынями. Среди освещающих эту тему авторов – предстоятели, иерархи и богословы различных православных церквей, настоятели их подворий в России. В журнале публиковались материалы о Болгарской (267 статей), о Сербской (193), о Константинопольской (131), о Румынской (124), о Чехословацкой (106), об Американской (99), об Элладской (93) и других поместных православных церквах, о РПЦЗ (54). Освещаются участие РПЦ в межрелигиозном диалоге, её миротворческие инициативы. Важной частью ЖМП является библиографический раздел, в котором печатаются рецензии на вышедшие православные издания, публикуемые в России и за рубежом, в том числе на зарубежную православную периодику. Выходили обзоры содержания таких журналов, как болгарские «Църковен вестник» (20 рецензий) и «Духовная культура» (11), румынские «Богословские исследования» (15), «Православие» (15) и «Румынская Православная Церковь» (5), чешский «Православная мысль» (9), сербский «Гласник» (6), польский «Церковный вестник» (6), а также греческих, канадских, немецких, венгерских и других журналов. Содержание ЖМП отражено в годовых указателях, помещенных в каждом 12-м номере. С 1957 г. детально расписывались определения Священного Синода, официальная, экуменическая и миротворческая хроника, а в 1957–1960 гг. и некрологи. В 1988–1992 гг. годовые указатели не печатались, а когда в 1993 г. они были восстановлены, то уже не содержали подробной информации. Кроме того, в нескольких номерах выходил указатель к высказываниям св. отцов, помещённых на страницах издания. Существует также ряд машинописных указателей к ЖМП. Студентами кафедры гомилетики Московской духовной академии был составлен указатель за 1944–1978 гг. (том 1 – официальная часть, том 2 – проповеднический и богословский отделы). Протодиакон Борис Лаврушин подготовил указатель за 1943–1978 гг., Я. Фомин – тематический указатель за 1931–1935 и 1943–1980 гг., в Псково-Печерском в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыре был составлен систематический указатель проповедей и статей в семи томах за 1943–1993 гг. Был опубликован «Систематический библиографический указатель к ЖМП за 1931–1935 и 1943–1983 гг.» (составитель Иван Николаевич Судоса, под редакцией Алексея Сергевевича Буевского; М., 1984 г.; издано на ротапринте ограниченным тиражом). Тексты номеров журнала за 1931–1935 гг. были изданы отдельной книгой (ЖМП в 1931–1935 гг. М., 2001 г.). Все номера с 1994 г., а также некоторые более ранние размещены на сайте Издательства Московской патриархии (здесь же представлен наиболее полный указатель статей, являющийся частью «Библиографии публикаций в центральных периодических изданиях Русской православной церкви (1931–2007)»).