Официальная часть, состоящая из правительственных распоряжений, выходила с отдельной пагинацией. В «Журнале министерства народного просвещения» был напечатан «Проект устава низших и средних училищ ведомства Министерства народного просвещения» для замечаний со стороны общественности. К.Д. Ушинскому удавалось отстаивать позицию и программу журнала, пока министром оставался Е.П. Ковалевский. Сменивший его в 1861 г. министр Евфимий Васильевич Путятин решил преобразовать печатный орган в периодическое издание прежнего типа, посвящённое всем наукам. К.Д. Ушинский подал в отставку. Однако отставка самого Е.В. Путятина в декабре 1861 г. позволила новому редактору Ю.С.  Рехневскому сохранить педагогическое направление «Журнала министерства народного просвещения». Следующий министр Александр Васильевич Головнин предлагал К.Д. Ушинскому вернуться в редакцию, но тот отказался. Существенную роль в работе издания в конце 1860–1870 гг. играл А.И. Георгиевский, в том числе после ухода с поста редактора, когда он стал председателем Ученого комитета министерства. В 1871 г. он был командирован за границу для изучения систем реального и классического образования, впоследствии написал статьи: «О реальном образовании в Пруссии, Саксонии, Австрии, Баварии и Швейцарии», «О государственных экзаменах в Германии и Австрии». В «Журнале министерства народного просвещения» уделялось внимание и естественнонаучным дисциплинам, печатались работы по астрономии, физике, математике, химии, медицине, биологии. Например, была опубликована статья «Полное затмение Солнца в Пензе» профессора Казанского университета Николая Ивановича Лобачевского. Значительно больше места занимали исторические статьи. Николай Васильевич Гоголь, который преподавал историю в Патриотическом институте в Санкт-Петербурге, напечатал в журнале статьи «Отрывок из истории Малороссии», «О малороссийских песнях», а также «План преподавания всеобщей истории». Он добивался назначения на кафедру всеобщей истории в открывавшемся Киевском университете св. Владимира и составил этот план для представления С.С. Уварову. Однако устроиться в Киев не удалось, и Н.В. Гоголь в 1834 г. был назначен адъюнкт-профессором Санкт-Петербургского университета. Его первая лекция, имевшая большой успех у студентов, также была опубликована в «Журнале министерства народного просвещения» под названием «О Средних веках». По русской истории здесь печатались статьи Измаила Ивановича Срезневского («Обзор материалов для изучения славяно-русской палеографии»), Михаила Петровича Погодина («Стрелецкие бунты»), Павла Николаевича Милюкова («Государственное хозяйство в России в связи с реформами Петра Великого»), Иллариона Александровича Тихомирова («Обозрение состава Воскресенского летописного свода», «Обозрение состава московских летописных сводов, 1425–1533 гг.»), Александра Евгеньевича Преснякова («Новые данные для изучения московских летописных сводов»), Николая Павловича Павлова-Сильванского («Иммунитеты в удельной Руси»), Ивана Алексеевича Вышнеградского, Якова Карловича Грота, Александра Сергеевича Лаппо-Данилевского, Константина Алексеевича Неволина, Сергея Фёдоровича Ольденбурга, Сергея Васильевича Рождественского, Павла Михайловича Строева, Николая Герасимовича Устрялова, Евгения Фрацевича Шмурло и др.