Он не оставлял без внимания изложение и критический разбор тех толкований, которые не считал правильными, что способствовало постижению смысла комментируемого текста. Рецензенты отмечали, что А.А. Жданов достаточно независим от выводов современных ему инославных богословов: он не увлёкся филологическим анализом трудных для понимания выражений, разбором первоначальных корневых значений слов, но старался «уловить их библейский usus». Рецензенты также отмечали, что научное исследование сохраняет церковный характер. Магистерская диссертация А.А. Жданова была удостоена в 1892 г. советом Московской духовной академии премии епископа Курского Михаила (Лузина) – по предложению и отзыву М.Д. Муретова. Несмотря на недолгое пребывание в Московской духовной академии, А.А. Жданов составил систематический курс Ветхого Завета, который включал вопросы общего введения в Ветхий Завет (задачи, методы, содержание и история науки), решение важнейших исагогических и экзегетических проблем Пятикнижия, а также исторических и пророческих книг, которые были объединены в общий раздел «Пророки» (в соответствии с еврейским Невиим). Курс, который остался незаконченным, был составлен применительно к расположению ветхозаветных книг в еврейском каноне Ветхого Завета. Указывая на излишнюю перегруженность дополнительным материалом западных курсов по введению в Ветхий Завет, А.А. Жданов предлагал исключить из этой дисциплины такие самостоятельные предметы, как еврейский язык, библейская археология и библейская история. Отстаивая необходимость рассмотрения библейских книг в их историческом контексте, он определял введение в Ветхий Завет как историю «ветхозаветной Библии». Главные задачи лекций ввиду ограниченности курса автор видел в изучении ветхозаветного канона и генезиса Библии, «происхождения отдельных книг, входящих в состав библейского канона», а также в изъяснении «избранных мест из тех священных книг». Особое внимание А.А. Жданов уделял определению объёма и границ Священного Писания Ветхого Завета, месту этого предмета в системе наук, его связи с догматическим богословием, со всеобщей историей литературы, с филологическими науками. Из вопросов общего введения в Ветхий Завет он рассматривал состав и расположение книг в еврейском каноне и в переводе Септуагинты (LXX). Анализируя Пятикнижие, указывал, что автором большей части текста являлся пророк Моисей. Отмечая неполноту и непоследовательность аргументов критиков, отрицавших авторство Моисея, А.А. Жданов уклонялся от мелочных споров, сосредоточившись на историко-филологической экзегезе ряда мест Торы, имеющих принципиальное значение для дискуссии. Подобным образом построено и исследование книг отдела Невиим, где А.А. Жданов полемизирует и с мнениями современных ему православных исследователей (например, по поводу авторства Книги Иисуса Навина). Некоторые работы А.А. Жданова остались неопубликованными, в том числе «Словарь еврейских собственных имён», критический разбор книги Николая Александровича Морозова (1854–1946 гг.) об Апокалипсисе и др.