С конца 1980 гг. началось возрождение церковной журналистики в СССР. В новых условиях церковные СМИ стали ориентироваться не только на духовное просвещение, но и на катехизацию, миссионерскую деятельность, диалог со светской аудиторией на доступном ей языке, борьбу с враждебной церкви идеологией и т.д. Принятый в 1990 г. закон «О свободе совести и религиозных организациях» дал юридические основания для расширения церковной деятельности, в том числе в области распространения информации. В 1994 г. вместо действовавшего ранее Издательского отдела Московской патриархии был создан Издательский совет Московской патриархии, который стал отвечать за информационную политику церкви, обеспечивать подготовку кадров, координировать деятельность православных издательств и журналистов. Председателями совета были архимандрит Даниил (Воронин; 1994–1995 гг.), Бронницкий епископ Тихон (Емельянов; 1995–2000 гг.), протоиерей Владимир Силовьев (с 2000 г.). С начала 1990 гг. велась профессиональная подготовка в области церковной журналистики, которая складывалась как особая специализация внутри журналистики. Церковные журналисты, в начале этого периода представлявшие собой обособленную группу, постепенно стали неотъемлемой частью журналистского сообщества России. В 1991–1995 гг. на факультете журналистики МГУ имени М.В. Ломоносова действовала группа церковной журналистики. В 1996 г. на базе Издательства Московской патриархии был создан Институт церковной журналистики и издательского дела во главе с епископом Тихоном (Емельяновым). Был введён двухгодичный цикл обучения, занятия устраивались по вечерам и в выходные дни, практику студенты проходили в «Журнале Московской Патриархии» и газете «Московский церковный вестник». В 1998 г. институт был преобразован в отделение церковной журналистики при филологическом факультете Российского православного университета святого апостола Иоанна Богослова. Отделение возглавляли епископ Тихон (Емельянов; 1998–2000 гг.), священник Владимир Николаевич Вигилянский (2001–2003 гг.), Григорий Владимирович Прутцков (2003–2005 гг.), А.С. Георгиевский (с 2005 г.). Студенты изучают богословские дисциплины, церковное право, древние и новые языки, различные отрасли журналистики, экономику издательского дела, проходят практику в церковных СМИ. В 2001 г. на базе «Православной юношеской газеты» работала Школа юного православного журналиста. В 2006 г. при Издательском совете Московской патриархии были созданы Школа церковной журналистики (курсы повышения квалификации для журналистов) и исследовательский центр «Церковь в информационном обществе». В том же году факультет церковной журналистики открылся в Черновицком православном богословском институте (Украина).