Анализируя взаимоотношения США, Великобритании и Ватикана с Балканскими государствами в послевоенный период, Драголюб Живоинович пришёл к выводу, что Ватикан планировал обеспечить сохранение НГХ благодаря переходу этого искусственно созданного государственного образования на сторону союзников. Включение Хорватии в состав Югославии спровоцировало конфликт католических иерархов, проводивших политику Ватикана, с коммунистической властью и вызвало репрессии среди католиков. Последовавший в 1948 г. разрыв отношений между СССР и Югославией способствовал сближению Белграда с США и Великобританией, что привело к оттеснению Ватикана на периферию внешней политики Балкан. Драголюб Живоинович первым из историков обратился к истории СПЦ в послевоенный период. В книге «Сербская Православная Церковь и новая власть, 1944–1950» (1998 г.) он сравнил позиции двух предстоятелей СПЦ, Скопского митрополита Иосифа (Цвийовича), до 1946 г. осуществлявшего фактическое управление СПЦ, и вернувшегося в ноябре 1946 г. из вынужденной эмиграции Сербского патриарха Гавриила V (Дожича) по отношению к коммунистическим властям Югославии. По мнению Драголюба Живоиновича, хотя патриарх Гавриил (Дожич) во многом и продолжил политику митрополита Иосифа (Цвийовича) по вопросам Македонской православной церкви, раскола в Черногории, создания ассоциаций священников, но в отличие от бескомпромиссности своего предшественника и католических иерархов он был далёк от прямой конфронтации с властями, что способствовало укреплению церкви. В статье об истории и современном состоянии ислама на основании исследования книги президента Боснии и Герцеговины Алии Изетбеговича (1990 г.) Драголюб Живоинович высказал мнение, что амбиции исламских организаций на Балканах, особенно в Боснии и Герцеговине, таят в себе угрозу стабильности не только в Европе, но и во всём мире. Он предсказал начало межконфессиональных столкновений в Боснии и Герцеговине в 1990 гг.