После досрочного освобождения из ссылки (в конце ноября 1924 г.) вернулся в Киев, где служил настоятелем церкви святой великомученицы Варвары при храме Николы Доброго на Подоле, по-прежнему возглавлял сестричество; как пастырь был очень популярен у киевской интеллигенции и студенчества. После публикации «Декларации» 1927 г. осуждал действия Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси). Осенью 1927 г. был одним из авторов Обращения киевлян к митрополиту Сергию (Страгородскому) с призывом изменить избранный им курс церковной политики (так называемое Киевское воззвание). В сентябре 1928 г. в числе шести киевских священнослужителей обратился с коллективным письмом к экзарху Украины митрополиту Михаилу (Ермакову) с протестом против его Декларации в духе политики митрополита Сергия (Страгородского). Они заявили, что порывают с митрополитом Михаилом (Ермаковым) и вступают в общение с иосифлянским епископом Димитрием (Любимовым). А.Е. Жураковский возглавил киевских иосифлян. В середине октября 1928 г. встречался в Ленинграде с главным иосифлянским идеологом протоиереем Фёдором Константиновичем Андреевым. С конца 1928 г. по октябрь 1930 г. служил в Преображенской церкви Киева. Вместе с молодёжью общины совершал паломничества в Дивеевский, Саровский и другие монастыри. Весной 1930 г. передал за рубеж ряд материалов о гонениях на церковь в СССР. 14 октября 1930 г. арестован в Киеве по обвинению в шпионаже в пользу Польши и антисоветской агитации. 23 октября привлечён к следствию по делу «Всесоюзного центра Истинно-Православной Церкви». Около года находился в московских Лубянской и Бутырской (с 23 ноября 1930 г.) тюрьмах. 3 сентября 1931 г. приговорён Коллегией ОГПУ к расстрелу с заменой десятью годами исправительно-трудовых лагерей. 28 сентября отправлен по этапу в Карелию. Отбывал срок в Свирьском исправительно-трудовом лагере: с 3 октября 1931 г. – в Бажанах, а с января 1932 г. – в Свирьстрое. 7 ноября 1932 г. переведён в Соловецкий исправительно-трудовой лагерь, до ноября 1933 г. занимался канцелярской работой в городе Кемь. В 1934 г. отправлен в Беломоро-Балтийский исправительно-трудовой лагерь на строительство канала: отбывал срок в Парандове, Выгозере, Качкане, Сосновце, с мая по ноябрь 1934 г. – в Тунгуде, со 2 ноября 1934 г. по 15 июня 1937 г. – в Надвоицах и с 18 июня 1937 г. – в Уросозере. В лагере работал на лесоповале, был сторожем, пильщиком, экономистом, делопроизводителем, плетельщиком корзин. В свободное время писал стихи. 14 октября 1937 г. взят под стражу в лагере по обвинению в антисоветской агитации. 20 ноября Особой тройкой УНКВД Карельской АССР приговорён к расстрелу. Приговор приведён в исполнение, А.Е. Жураковский был расстрелян вместе с большой группой заключённых (первый Соловецкий этап). Похоронен в общей безвестной могиле.