Жанна д'Альбре издала специальный манифест («Ample Déclaration»), изобиловавший разного рода сплетнями и выдумками, направленными против «папистов» и их сторонников – Гизов, а также против французского королевского двора, чтобы узаконить возобновление войны (1569 г.). На королеву было возложено управление крепостью (за исключением организации военных действий), а также ведение переговоров с иностранными протестантскими государями. После подписания 8 августа 1570 г. в Сен-Жермен-ан-Ле эдикта примирения, завершившего третью религиозную войну, начались переговоры о браке сына Жанны д'Альбре Генриха Бурбона и сестры короля Маргариты Валуа (этот брак должен был скрепить достигнутые мирные соглашения). Строгая кальвинистка, резко осуждавшая французский двор и его нравы, королева Наварры была против этой свадьбы, опасаясь, что впоследствии сын будет вынужден отречься от протестантской веры. Она была готова защищать интересы своего государства и своей веры, а в ходе переговоров собиралась потребовать от французского короля в качестве приданого новые территории и перехода невесты в кальвинизм. В феврале 1572 г. Жанна д'Альбре вместе с дочерью прибыла к королевскому двору в Блуа (она запретила сыну сопровождать её, опасаясь католического влияния). Переговоры продолжались два месяца. После оказанного на неё давления со стороны Екатерины Медичи и Гаспара де Колиньи Жанна д'Альбре дала согласие на брак. Маргарита Валуа категорически отказалась переходить в протестантскую веру, венчание должен был провести кардинал Карл Бурбон, дядя жениха. Жанна д'Альбре отправилась в Париж совершить необходимые для свадьбы сына покупки, но заболела плевритом и через несколько дней скончалась. Современники считали, что внезапная смерть «протестантской Деборы» наступила в результате отравления, организованного Екатериной Медичи. Однако ни дочь Жанны д'Альбре, Екатерина, ни её сын, ни гугеноты, находившиеся при французском дворе (в том числе Гаспар де Колиньи), не высказывали подобных подозрений. Генрих Бурбон, получивший после смерти матери титул короля Наварры, не стал вносить никаких изменений в достигнутые ею договорённости с французским королём Карлом IX. 18 августе 1572 г. состоялась его свадьба с Маргаритой Валуа, а в ночь с 23 на 24 августа в Париже началось избиение прибывших на торжества гугенотов, которое получило название Варфоломеевской ночи. На территории Нижней Наварры и Беарна католическое богослужение частично возобновилось в некоторых населённых пунктах лишь в конце XVI в. (кальвинизм долгое время оставался прикрытием для местных сепаратистских движений), позиции католической церкви были восстановлены при короле Людовике XIII (в 1620 г. было подавлено восстание в Беарне, после чего бывшие владения Жанны д'Альбре окончательно вошли в состав Франции).