Вскоре появились новые журналы при духовных школах. В 1837–1912 гг. Киевская духовная академия издавала еженедельник «Воскресное чтение», в котором наряду с назидательными статьями печатались научные исследования. С началом выхода «Трудов Киевской духовной академии» (1860–1917 гг.) научные материалы переместились в это издание. Московская духовная академия вместе с книжками «Творений святых отцов в русском переводе» (М., 1843–1865, 1871–1872, 1880–1891 гг.) издавала журнал «Прибавления к творениям святых отцов в русском переводе», затем его сменил «Богословский вестник» (Сергиевский посад, 1892–1918 гг.). Казанская духовная академия издавала «Православный собеседник» (1855–1917 гг.), в котором много внимания уделялось вопросам миссионерства, изучению мусульманства, буддизма, язычества, старообрядчества, сектантства, а также специальные миссионерские журналы «Миссионерский противомусульманский сборник» (Казань, 1873–1914 гг.) и «Инородческое обозрение» (Казань, 1912–1916 гг.). В академических журналах публиковались новые переводы святоотеческих творений, деяний Соборов, а также журналы или протоколы заседаний советов академий, отчёты и другие официальные документы академических корпораций, их подразделений и состоявших при них учреждений (библиотек, музеев, кабинетов, обществ, братств), обзоры, рецензии и аннотации текущей российской и зарубежной богословской литературы. Четыре духовные академии до 1918 г. выпускали 19 периодических изданий, ещё два журнала выходили при академических комиссиях и братствах. Дореволюционные духовные семинарии издавали пять богословских и ещё несколько специальных журналов. Из них не уступал академическим журналам по научному уровню и широте содержания лишь харьковский богословско-философский журнал «Вера и разум» (1884–1917 гг.), основанный Харьковским епископом Амвросием (Ключарёвым). Самыми ранними семинарскими духовно-назидательными журналами были «Училище благовестия» (Рига, 1857–1867 гг.), «Духовная беседа» (в 1858–1862 гг. выходил при Санкт-Петербургской духовной семинарии), «Руководством для сельских пастырей» (Киев, 1860–1917 гг.), «Духовный дневник» (Харьков, 1864–1866 гг.). В 1860 гг. появились богословско-публицистические журналы, основанные общественными организациями или частными лицами и призванные, по словам основателя и первого редактора журнала «Станник» (СПб., 1860–1917 гг.) протоиерея Василия Гречулевича (впоследсвтии Могилёвский епископ Виталий), не только удовлетворять запросы «любителей духовного чтения, но и возбуждать охоту к такому чтению в тех, кто считает его скучным или даже несоответствующим современному направлению общества». К таким изданиям исследователи относят «Домашнюю беседу» (СПб., 1858–1877 гг.) Виктора Ипатьевича Аскоченского, «Душеполезное чтение» (М., 1860–1917 гг.), «Дух христианина» (СПб., 1861–1865 гг.) священника Александра Васильевича Гумилёвского, «Духовный вестник» (Харьков, 1862–1867 гг.), «Чтения в Обществе любителей духовного просвещения» (М., 1863–1917 гг.). Наряду с оригинальными и переводными богословскими и философскими статьями, аскетическими творениями и церковно-историческими исследованиями в этих духовных журналах публиковались проповеди и поучения, Жития святых, жизнеописания подвижников благочестия, очерки церковного быта, стихи духовного содержания, обзоры современной духовной и светской литературы, отклики на текущие события.