В начале процесса государственный обвинитель потребовал вскрытия мощей преподобного Иакова, которое в присутствии комиссии из 15 человек состоялось в тот же день. В ходе раскопок в кирпичном склепе в церкви Рождества Богородицы мощей не обнаружили: были найдены несколько свежих щепок и две медные монеты XVIII и XIX вв. (возможно, предвидя вскрытие мощей, братия заранее извлекла их из-под спуда и спрятала в неизвестном месте). Отсутствие мощей прибавило ещё один пункт в обвинении подсудимых. В ночь с 16 на 17 июня суд огласил приговор: все подсудимые получили по году принудительных работ и по одному или два года лишения свободы с последующей высылкой из Костромского округа на пять лет. Сессия суда поставила перед властями вопрос о закрытии монастыря. В октябре 1929 г. Костромской окрисполком утвердил ходатайство Буйского райисполкома о расторжении договора с Борокской религиозной общиной на аренду монастырских храмов и рекомендовал передать их местному колхозу «для культурно-просветительной работы». Остававшаяся в Железноборовском монастыре братия была изгнана, по рассказам местных жителей, несколько монахов некоторое время жили в подклети Богородице-Рождественской церкви. В 1930 гг. храмы обители использовались местным колхозом для хранения зерна, в двухэтажном братском корпусе была открыта школа. В 1947 г. в монастыре разместилась машинно-тракторная станция, в храмах устроены ремонтные мастерские. Деревянная Введенская (бывшая Богородице-Рождественская) церковь в Брылеевой пустыни после закрытия Железноборовского монастыря была разрушена. Постановлением Совета министров РСФСР от 13 августа 1960 г. Железноборовский монастырь получил статус памятника культуры республиканского значения, но в 1960–1990 гг. здания монастыря стояли заброшенными. 5 мая 1990 г., в день обретения мощей преподобного Иакова, крестный ход в селе Борок возглавлял епископ Костромской и Галичский Александр (Могилёв). Среди руин обители был совершён праздничный молебен. В крестном ходе принял участие и последний из оставшихся к тому времени в живых бывший насельник монастыря архимандрит Серафим (Борисов), который много лет провёл в тюрьмах и лагерях. Указом архиепископа Александра от 1 мая 1995 г. в бывшем монастыре было организовано приписное подворье Ипатиевского во имя Святой Троицы монастыря во главе с настоятелем иеромонахом Адрианом (Антиповым). Решением Священного Синода от 17 августа 2004 г. подворье было преобразовано в монастырь, настоятелем назначен иеромонах (впоследствии игумен) Ферапонт (Кашин). К 2009 г. в Железноборовском монастыре проживало больше десяти насельников. Восстанавливается Богородице-Рождественский храм. Регулярные будничные службы совершаются в домовой церкви во имя Трёх святителей, устроенной в 1998 г. в трапезном корпусе XIX в. К монастырю приписана приходская церковь в честь Рождества Христова в селе Борок. Построен двухэтажный келейный корпус (в не возвращённом обители братском корпусе 1825 г. размещается сельская школа).