После увольнения Александра Николаевича Волжина 14 августа 1916 г. Александра Фёдоровна написала Николаю II, что Николай Павлович Раев в качестве обер-прокурора Синода и Н.Д. Жевахов в качестве его товарища «были бы истинным даром Божьим для Церкви». 15 сентября того же года Н.Д. Жевахов был назначен исполняющим обязанности товарища обер-прокурора Синода. Впервые в истории духовного ведомства он стал вторым товарищем обер-прокурора (должность утверждена положением Совета министров от 12 августа 1916 г.). 22 октября, после того как первый товарищ Николай Чеславович Зайончковский был назначен сенатором, Н.Д. Жевахов остался исполняющим обязанности товарища, Николай II (по представлению обер-прокурора Н.П. Раева) распространил на него содержание по занимаемой должности и пенсионные права. В ноябре 1916 г. Н.Д. Жевахов был представлен к чину действительного статского советника и чину камергера, производство в новые чины датировалось 1 января 1917 г. Стремясь играть роль «церковного информатора» Александры Фёдоровны, Н.Д. Жевахов рассказал ей о старице Десятинного в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря Марии Михайловне, которую императрица посетила в декабре 1916 г. Имевший репутацию ставленника Григория Ефимовича Распутина, он поддерживал хорошие отношения с Петроградским митрополитом Питиримом (Окновым). Современники по-разному относились к Н.Д. Жевахову. Так, протопресвитер Георгий Шавельский называл его чиновником «небольшого ранга, но большой канцелярии», беспринципным карьеристом и лицемером. При дворе Н.Д. Жевахов пользовался поддержкой. Награждён орденом св. Владимира четвёртой степени (1916 г.). По воспоминаниям Н.Д. Жевахова, 27 февраля 1917 г. на заседании Синода он предложил выпустить воззвание к народу с осуждением революционных событий, но эта идея не была поддержана. 1 марта он был арестован и препровождён в Министерский павильон Государственной думы, однако уже 5 марта отпущен на свободу. Вскоре после этого покинул Петроград, в апреле и мае проживал в Киеве, затем в имениях брата и сестры. С 8 ноября 1917 г. по 12 сентября 1919 г. жил в Киеве, затем из-за наступления большевиков бежал на юг, недолго жил в Харькове, Ростове-на-Дону, Пятигорске и Екатеринодаре. 14 января 1920 г. добрался до Новороссийска, откуда пароходом эмигрировал в Константинополь. 9 февраля того же года прибыл в Сербию. Н.Д. Жевахов стал инициатором создания и председателем Русско-сербского общества. В сентябре 1920 г. уехал в Бари. Был управляющим русским подворьем святителя Николая. В эмиграции Н.Д. Жевахов выступал как крайне правый, националистически настроенный монархист.