5 сентября 1586 г. архимандрия перешла под начало Львовского и Каменец-Подольского епископа Гедеона (Балабана), открыв так называемую эру Балабанов в истории монастыря. Этот период характеризуется напряжённой борьбой за Жидичинский монастырь между православной и греко-католической иерархией. С 1596 г. на обитель постоянно посягал и даже совершал открытые вооружённые нападения Луцкий епископ Кирилл (Терлецкий). В 1603 г. Жидичинский монастырь был фактически легализован королём как православный в связи со снятием баниции (лишения прав) с племянника епископа Гедеона архимандрита Григория (Балабана). Одним из значимых эпизодов этого противостояния стало сидение архимандрита на крыше монастырского здания в качестве протеста. В ХVI в. Жидичинский монастырь стал крупным землевладельцем, в 1630 гг. монастырю принадлежал 291 «дым» в 18 населенных пунктах. С начала ХVI в. размеры владений и имущества монастыря постоянно менялись. Так, в 1576 г. Жидичинский монастырь получил пожертвования от князя Богуша Корецкого, а в 1586–1591 гг. в результате судебной тяжбы с князем Романом Сангушко потерял несколько имений. В начале ХVII в., при архимандрите Григории (Балабане), Жидичинскому монастырю удалось выиграть несколько судебных процессов, в том числе с панами Гулевичами и Загоровскими. После смерти в 1620 г. архимандрита Григория (Балабана) король Сигизмунд III передал греко-католикам Луцкую епархию – епископу Иеремии Почаповскому, а Жидичинский монастырь в 1621 г. – архимандриту Никодиму Шибинскому. При избрании в 1632 г. нового короля Владислава IV Вазы были составлены «Пункты успокоения» – документ, определявший положение православной церкви в Речи Посполитой. Согласно «Пунктам...», Луцкую кафедру предполагалось вернуть православным, а Жидичинский монастырь передать униатам. Однако, несмотря на соглашение, кафедра была пожизненно оставлена за униатским епископом. 15 марта 1633 г. король Владислав IV передал монастырь в распоряжение новоизбранного Луцкого епископа Афанасия (Пузыны). Вскоре благодаря поддержке короля и православной шляхты епископ Афанасий отобрал у униатского Луцкого епископа Иеремии Почаповского часть церковных имений. Однако постановление сейма 1635 г. вновь признало епископом Луцким Иеремию Почаповского. По королевскому привилею от 20 апреля 1638 г. Жидичинская архимандрия окончательно была передана греко-католической церкви, митрополиту Рафаилу Корсаку. С этого времени Жидичинский монастырь стал постоянной резиденцией Луцких греко-католических епископов. В 1640 гг. обитель пришла в упадок, к 1647 г. в ней проживало лишь шесть монахов. Некоторое время в ХVII в. в Жидичинском монастыре находилась чудотворная Холмская иконы Божьей Матери. Здесь же униатский епископ Иаков Суша написал книгу «Феникс» о чудесах от иконы. Согласно «Летописи Самовидца о войнах гетмана Богдана Хмельницкого и о междоусобиях, бывших в Малой России по его смерти», в Жидичинском монастыре принял постриг с именем Гедеон и стал его архимандритом бывший гетман Юрий Богданович Хмельницкий.