Видя угрозу со стороны Теодориха, Зинон заключил с ним мирное соглашение, по которому готы получали для расселения земли в Дакии и Мёзии, а Теодорих – должность консула (484 г.). Требуя новых уступок и пожалований у империи, готы вновь угрожали окрестностям Константинополя в 486 г. Наконец, в 488 г. Теодорих, заключив новый договор с Зиноном и получив от него военную и финансовую поддержку, начал выдвижение своих сил из Мёзии и Дакии в Иллирик, чтобы затем вторгнуться в Италию. Тем самым Зинон сумел разрешить проблему расселения готов на Балканах и способствовал более стабильному положению региона в будущем. Кроме того, он рассчитывал при помощи Теодориха уничтожить власть Одоакра в Италии. Разгром Одоакра и завоевание Италии Теодорихом были завершены в 493 г. В 460–470 гг. в церковных общинах Востока усугубился раскол между партиями православных (халкидонитов) и монофизитов, возникший после четвёртого Вселенского собора в Халкидоне 451 г. Православная партия пользовалась поддержкой императора Льва I; монофизиты, которые в восприятии многих современников были воплощением «гонимой Церкви», приобрели большую популярность в самых разных слоях византийского общества, в Египте, Сирии и даже Константинополе. Зинон как преемник императора Льва I должен был продолжать его политику сдерживания монофизитов, однако в период противостояния Зинона и Василиска позиции монофизитов, напротив, усилились. В 475 г. Василиск издал «Энкиклион», которым отменялись и анафематствовались постановления Халкидонского собора. По его распоряжению возвратились из ссылок все лидеры монофизитов, раньше преследовавшиеся Львом I: в 475 г. Тимофей Элур вернулся на патриарший престол Александрии, Пётр Гнафевс – в Антиохии. Архиепископский престол Эфеса был провозглашён патриаршим, и на эту кафедру при участии Тимофея Элура был возведён сторонник монофизитов Павел. Политика Василиска вызвала возмущение Константинопольского патриарха Акакия. Летом 476 г., когда власть Василиска потеряла силу, в Константинополе началось восстание православных. Пытаясь удержаться на престоле, Василиск издал «Антэнкиклион», которым провозглашался возврат к православию. Вскоре Зинон приехал в Константинополь и отменил все указы Василиска, в том числе касающиеся веры. Тем не менее, изменение религиозной политики выявило новые проблемы, поскольку успех монофизитства при Василиске добавил популярности лидерам движения. Влияние Тимофея Элура в Александрии и Египте было столь велико, что Зинон не решился действовать против него. Тимофей умер 31 июля 477 г., и монофизиты поставили патриархом Петра Монга. Местная православная партия и официальная светская власть в Египте поддержали Тимофея Салофакиола, избранного патриархом ещё в 460 г. Пётр Монг бежал из Александрии, но Тимофей Салофакиол не обладал достаточным авторитетом, чтобы объединить паству. В Антиохии уже в конце 476 г. был низложен Пётр Гнафевс (сослан в Питиунт, ныне Пицунда), ему на смену монофизиты избрали Иоанна II. В 477 г. Иоанн также был низложен, и патриархом стал Стефан, которого поддерживал Константинопольский патриарх Акакий. В 479 г., во время религиозных волнений в Антиохии, патриарх Стефан был растерзан толпой. В ответ на это Зинон отказал антиохийцам в праве самостоятельно поставлять патриархов, и в Константинополе по выбору Зинона был рукоположён Календион. Иоанн Кодонат, избранный в Антиохии самой общиной, был переведён на престол Тира Финикийского. Смерть Александрийского патриарха Тимофея Салофакиола в июне 482 г. привела к новым существенным переменам в церковной политике империи.