Во время оккупации Лазаревская церковь была «разорена и пожжена», в 1615 г. в монастыре проживали «две старицы, три белицы, да дьячок, да пономарь, да бобыль». В 1764 г. монастырь был упразднён, Лазаревская церковь обращена в приходскую и приписана к Зверину монастырю. В 1848 г. богослужения в ней прекратились. Вскоре после 1851 г. была разобрана ветхая деревянная церковь «святых Иоакима и Анны с полуразвалившейся колокольней». В 1860 г. по прошению новгородского мещанина С. Гусева, которому поручила вести дела вдова генерал-майора Е. Мизина, было разрешено за счёт последней «возобновить» древний храм, что привело к его полной разборке (сохранилось изображение работы А.Н. Мартынова). «С оконечности вала открывается прелестный вид на Софийскую сторону: прямо представляется Зверин женский монастырь со своею белою оградою и башенками и окольные его церкви, уныло смотрящиеся в мутные воды Волхова. Особенно картинно рисовалась недавно ещё здесь древняя церковь св. Лазаря, покрытая мхом и плесенью, но увы! Лазаря теперь нет», – писал в 1862 г. краевед Иван Киприянович Куприянов. В 1860–1865 гг. на месте старой была построена новая каменная церковь св. Лазаря в русском стиле (не сохранилась). Необычный по архитектуре центрический октагональный храм венчала массивная луковичная глава, каждая фасадная стена завершалась большим килевидным кокошником. Центром по организации археологических исследований Новгородского музея-заповедника (археолог М.И. Петров) в 1993 г. проводились разведочные работы на территории Лазарева монастыря, однако остатки древней обители не были обнаружены. Подворье в Санкт-Петербурге было устроено на углу Надеждинской и Малой Итальянской улиц, пожертвовано монастырю в 1861 г. генеральшей Варварой Михайловной Буткевич (урождённой Путятиной). В 1862–1863 гг. по проекту санкт-петербургского епархиального архитектора Григория Ивановича Карпова было сооружено двухэтажное здание подворья в русском стиле XVII в. На верхнем этаже располагалась небольшая церковь, увенчанная высокой главкой, на нижнем – часовня и кельи. Церковь была освящена 23 марта 1863 г. викарным епископом Ревельским Леонтием (Лебединским) в присутствии великой княгини Александры Петровны в честь Успения Пресвятой Богородицы, что было связано с пребыванием в храме чтимой иконы Успения, привезённой из Иерусалима в 1852 г. вдовой чиновника К. Булатовой (монахиней Анной). Почиталась также Тихвинская икона Божьей Матери. 16 сентября 1897 г. епископом Гдовским Назарием (Кирилловым) в присутствии градоначальника генерал-майора Николая Васильевича Клейгельса и благотворителя подворья С.А. Смурова в храме был освящён придел во имя Николая Чудотворца, сооружённый на средства полковника Апостола Александровича Костанды. Последним настоятелем был служивший с 1897 г. иерей Николай Николаевич Богословский, сын протоиерея Николая Гавриловича Богословского (1870–1937 гг., расстрелян). В 1931 г. храм закрыт, после войны разобран. В 1950 г. на участке выстроено школьное здание. Для Зверина монастыря Григорием Петровичем Елисеевым был также приобретён двухэтажный деревянный дом предположительно в районе Троицкой площади.