Возрождение православной Черниговской кафедры стало результатом освободительной войны под предводительством гетмана Богдана Хмельницкого, в результате которой летом 1648 г. польская шляхта, униатское и католическое духовенство были изгнаны с Черниговщины (с 1625 г. черниговские, смоленские и новгород-северские земли, по Деулинскому перемирию 1618 г. принадлежавшие Речи Посполитой, находились под властью униатских архиереев). В 1649 г. в юрисдикцию Зосимы после изгнания казаками униатов был возвращён Елецкий черниговский в честь Успения Пресвятой Богородицы женский монастырь. Зосима подолгу жил в Киево-Печерском монастыре, по-видимому, исполняя обязанности викария Киевского митрополита Сильвестра. Весной 1649 г. в Киев сначала к Зосиме, который замещал отсутствовавшего митрополита, потом к митрополиту Сильвестру с просьбой о присылке в Москву учёных украинских монахов обращался царь Алексей Михайлович. Зосима присутствовал на Соборе православных архиереев Речи Посполитой, который прошёл в июне 1650 г. в Киеве, 27 июня участвовал в хиротонии Перемышльского епископа Антония (Винницкого; Перемышльская кафедра была возвращена православным на основании королевского диплома от 12 января 1650 г., изданного по результатам Зборовского договора между королём и казаками от 9 августа 1649 г.). 16 января 1651 г. вместе с митрополитом Сильвестром, киево-печерским архимандритом Иосифом (Тризной) и другими настоятелями монастырей Зосима встречал в Киеве московского посла боярина Василия Васильевича Бутурлина, приехавшего для приведения горожан к присяге царю. Митрополит и архимандрит Киево-Печерского монастыря, опасаясь мести польских властей, не хотели посылать своих слуг для принесения присяги. После уговоров со стороны русских послов киевские духовные власти покорились, и 19 января их шляхта и слуги присягнули царю. В тот же день митрополит Сильвестр, Зосима и архимандрит Иосиф (Тризна) получили от В.В. Бутурлина царское жалованье. В вопросах церковной политики Черниговский архиерей следовал за митрополитом Сильвестром, который отстаивал подчинённость Киевской митрополии Константинопольскому патриарху в условиях, когда Левобережная Украина вошла в состав Русского государства, и русские власти рассчитывали на переход Киевского митрополита в юрисдикцию Московского первосвятителя. Однако, как полагают исследователи, взгляды Зосимы не вполне совпадали с позицией митрополита Сильвестра.