Существенное обновление знаменной нотации во второй половине XV – XVI вв. затронуло словарь знамен и мелодических формул, а также невменную запись песнопений в целом; сложилась их новая графическая редакция. Часть знаков ранней знаменной нотации вышла из употребления: двойная запятая как самостоятельное знамя, стрела «крюковая» (статия + крюк) как знамя, отличающееся от стрелы с оксией (статия + оксия), стрелы с одиночной запятой (запятая + оксия) и с голубчиком (голубчик + оксия), разновидности осоки, рожека, лигатуры крюка, стрелы и чашки со змеицей и др. Семейства знамен, утратив некоторые архаичные начертания, обогатились новыми: в азбучных перечнях появились тресветлые разновидности крюка и стрелы (знаки с тремя точками), стрела с полукрыжем, семейство подчаший (наряду с крюковым подчашием); число знаков в некоторых семействах заметно возросло. Изложение знамен в азбуках-перечислениях (термин Максима Викторовича Бражникова) становилось более упорядоченным: яснее проступала тенденция располагать их по семействам, а в пределах семейства – с учётом их высот относительно друг друга или количества звуков соответственно числу точек при основном знамени. Знамена с точкой, названные в ранней редакции азбуки «имена знамянием» «светлыми» и рассредоточенные в её тексте, были встроены в соответствующие семейства согласно логике увеличения числа точек и получили название «мрачные» (за исключением стопицы, чашки и палки). Они заняли место между «простой» и «светлой» разновидностями; перемена их названия отразила изменение смысла точки в процессе эволюции знаменной нотации от древней формы, удерживавшей ранневизантийское содержание знака, к «столповой». В XVI – первой половине XVII вв. семейства знамен пополнялись новыми знаками (разновидностями стрел, статий), позволявшими более точно фиксировать мелос, дифференцированно отражать высотные и ритмические особенности оборотов, мелодический контур песнопения в целом, однако сохранялись и более архаичные по составу знаков руководства. Наряду с перечислениями знамен в XVI в. получили распространение толкования знаков (так называемые Сказания) – словесные объяснения мелодического, высотного, ритмического значения основных знамен и отношений между ними («Сказание толкованию. како поется коеждо знамение различно» – Российская национальная библиотека, 1540 гг.; «Сказание. како поется в коем гласе знамение» – Российская национальная библиотека, 1560 гг.; «Сказание знамению. како поются в коемждо гласе» – Институт русской литературы, середина XVI в.). Часть знамен была соотнесена в толкованиях с высотным уровнем «строки», разделявшим области, лежащие «ниско» и «высоко»: «Крюк – възгласит(и) мало выше строк(и)… А стрела – потянут(и) ни выше строк(и), ни ниж(е)… А мрачная (стрела) с полукрыжем – подержав, подынут(и) изнизу кверху, выше строк(и)… А стопица едина или множество их – говорити просто по строкы» (Российская национальная библиотека; несколько иная редакция, с более детальными толкованиями, находится в списке Исторического музея, 1650 гг.). Позднее в число ранних помет, определявших преимущественно характер исполнения, будут введены и те, что указывали на принадлежность знамени к верхней и нижней зонам звукоряда – «высоко», «ниско» (Российская национальная библиотека, вторая четверть XVII в.).