Исходя из первенства веры в Бога и жизни по вере перед исследованием Священного Писания и богословствованием Зинон показывает различие между ересью и кафолической верой. Он учит, что церковь рассматривает Священное Писание как предмет веры, в силу чего только она может правильно толковать его, т.е. не только обнаруживать, пользуясь в том числе и филологическими методами, его буквальный смысл, но и постигать его духовный смысл, согласовывая таким образом разум с верой. Ересь же, напротив, исходит из ошибочного толкования Священного Писания, поскольку останавливается только на его буквальном смысле, который сам по себе «убивает дух». Следуя александрийской экзегетической традиции (прежде всего, Оригену), с которой он познакомился благодаря Иларию Пиктавийскому, Зинон применял метод духовного (аллегорического) толкования к большинству ветхозаветных текстов и настаивал на единстве двух Заветов как ключе к их правильному пониманию. Не придавая решающего значения богословствованию («tractatus», «doctrina»), Зинон подчёркивал его определённую пользу при условии, что оно основывается на правильно понятом Священном Писании. Поэтому он относился с некоторым недоверием и опасением к тем, кто, подобно еретикам, ищут в Священном Писании не воли Божьей, а удовлетворения своего праздного любопытства относительно тайн веры. Вслед за Тертуллианом и Ипполитом Римским Зинон указывал на новоявленность всякой ереси по сравнению с древностью («antiqua») истинной веры и усматривал происхождение ересей из различных философских систем, которым они подчиняют Священное Писание. Кроме того, развивая учение о трёх главных добродетелях, Зинон отмечал, что ереси и расколы возникают тогда, когда «надменная вера» и «гордая надежда» отрываются от любви как своего незыблемого основания. Согласно Зинону, истинная вера, побуждаемая благодатью Божьей, выражается в любви к Богу и служении Ему «в тайне единственной веры в единую Троицу» («in sacramento semel creditae unitae Trinitatis»). В этом выражении содержится указание на понимание им тайны Святой Троицы как одновременно Божественного единства и различия, в противоположность предельной рационализации, которой подвергалась эта тайна в арианской доктрине. В соответствии с этим тринитарное учение Зинона, сложившееся, главным образом, под влиянием западных богословов Тертуллиана, Илария Пиктавийского и Амвросия Медиоланского, строится, прежде всего, на библейском и литургическом основании. В доказательствах единства Божества и различия Лиц Святой Троицы он пользовался библейскими аналогиями, такими как три отрока в вавилонской печи (Дан. 3:19 слл.), печать, перевязь и трость, данные ветхозаветным патриархом Иудой в качестве залога его невестке Фамари (Быт. 38:25). Другим обоснованием веры в единую Божественную Троицу у Зинона служат троичные славословия, распространённые в литургической практике того времени и используемые им, как правило, в заключение проповеди. Единство Лиц Святой Троицы Зинон подчёркивал с помощью ряда богословских терминов: «единая сущность» («una substantia»), «единое Божество» («una deitas»), «единая сила» («una virtus»), «единая воля» («una voluntas), единая «любовь» («caritas»), «единое величие» («una maiestas»), «единое достоинство» («una dignitas»), единое «Царство» («regnum») и др.