Поэтому история православия, в особенности русского, стала основной сферой научных интересов Н.М. Зёрнова. Он полагал, что, несмотря на то что «отношение русских к религии было менее философичным, чем у византийцев, и менее институциализированным, чем у латинян», им удалось «осуществить новое и глубокое проникновение в христианскую правду» и раскрыть ту сторону церковной жизни, которой «пренебрегли другие духовные традиции». Наиболее значительными выразителями русской религиозности были, с его точки зрения, князья Владимир Святославич и Владимир Мономах, благоверные князья Борис и Глеб, преподобный Сергий и др. Н.М. Зёрнов подчёркивал роль церкви в становлении русской культуры, как материальной, так и духовной. Особое внимание уделял изучению русской духовности и религиозной жизни XIX – XX вв. Н.М. Зёрнов считал, что в XIX в. особые черты русского православия наиболее ярко проявились, с одной стороны, в движении старчества, связанного с именами Тихона Задонского, Паисия (Величковского), Серафима Саровского, оптинских старцев, с другой – в идеях русских мыслителей Алексея Степановича Хомякова, Фёдора Михайловича Достоевского, Владимира Сергеевича Соловьёва, стремившихся преодолеть расхождение церкви и образованного общества, заложить основание новой христианской культуры. По мнению Н.М. Зёрнова, в их творчестве «выразилось основное убеждение русского религиозного мышления – признание потенциальной святости материи, единства и священности сего творения и призвание человека соучаствовать в его конечном преображении». Воссоединённая церковь становится как бы «инструментом» Святого Духа в достижении этой цели. На основе такого видения возникло движение русского религиозного возрождения начала XX в., значение которого заключалось, по мнению Н.М. Зёрнова, в преодолении раскола между интеллигенцией и церковью, религией и культурой, «европейски образованными русскими и основной массой народа», в достижении «глубокого понимания богоборческой психологии современного человека». Н.М. Зёрнов полагал, что эти «идеи могут явиться решающей силой в освобождении людей, соблазнённых ленинизмом» и раскрыть «перед ними истинную природу Церкви и те оздоровляющие силы, которые она предлагает верующим». Вслед за деятелями религиозного возрождения старших поколений Н.М. Зёрнов ставил вопрос о религиозном значении и причинах русской революции и о смысле исторической судьбы русской эмиграции, продолжившей традиции религиозного возрождения и распространившей влияние православия и русской культуры по всему миру. Как теоретик и практик экуменического движения он противопоставлял римско-католической (основанной на авторитете папы и строгой организации) и англиканской (сформированной на идее равенства церквей и исповеданий и догматической неопределённости) православную церковь, которая «видит в единодушии наилучшее свидетельство Богодухновенности принятых решений». Считал, что в обеих западных моделях церкви кроется изъян: они обе «предопределяют действие Святого Духа», придают решающее значение церковной организации в деле сохранения правоверия и единства. В отличие от них православие преодолевает конфликт между единством и свободой в согласии, соединённом с иерархичностью и почитанием Священного Предания, в понимании церкви не как организации, но как организма. Работы Н.М. Зёрнова по истории русской духовности, пользующиеся большой популярностью на Западе, не утратили научного и воспитательного значения, автобиографическая проза семьи Зёрновых является важным источником по истории русской эмигрантской культуры. В 1993 г. личная библиотека Н.М. Зёрнова была передана его вдовой в дар Всероссийской государственной библиотеке иностранной литературы.