Главный неф заметно выше боковых, с востока в него через виму открывается полукружие апсиды с каменным синтроном в центре. Подпорки, декоративные арки вдоль стен и разделительные арки между нефами сделаны из кирпича, своды выполнены с помощью забутовки. Проём в восточной стене южного нефа ведёт в пастофорий. Фасад строения возведён из булыжника и рваного камня, отделан равноугольными квадрами. Три асимметричных окна алтаря украшены небольшими полуциркульными бровками. Над окном центральной апсиды высечено изображение креста. С юга к храму пристроен открытый притвор с восьмериковой колокольней (XVI–XVIII вв.). В первой половине XI в. в трёхнефной базилике был возведён каменный иконостас. В 1927–1928 гг. его фрагменты были перенесены в Тифлис (хранятся в Государственном музее искусств Грузии). На одной из плит изображён Симеон Столпник, на другой – две фигуры царей, один из них – царь Кахети Квирике III (1010–1029 гг.). Там же сохранилась высеченная надпись асомтаврули: «Руками смиренного Закарии» – редкий образец подписи мастера по камню. Храм был полностью расписан. Сохранившиеся фрагменты фресок частично позволяют исследователям судить о программе росписи, большая часть которой относится к XVII в. По мнению исследователей, в конхе алтаря находился Деисус. В верхнем регистре алтаря с трудом различимы голова св. Иоанна Предтечи, часть трона Спасителя и опора для Его ног, в нижнем регистре – фигуры отцов церкви красновато-кирпичного цвета. Фрагменты фигур святых сохранились также на косяках окон, на южной стене южного нефа и на западной стене главного нефа. В восточной части северного нефа находилось конное изображение великомученика Георгия, пронзающего дракона. К юго-востоку от храма сохранились две кельи, высеченные в отвесной скале. Южная стена большей, прямоугольной (4х4,4 кв. м) возведена из камня и кирпича; в ней есть кирпичный камин и каменный стол. Малая келья расположена западнее большой. Зедазенская крепость, сохранившаяся в руинах, расположена в 150 м от Зедазени. В источниках названа «вратами в Кахети». До XI в. сдерживала натиск иранцев и лезгинских племён, считаясь неприступной. При грузинском царе Давиде IV Строителе (1089–1125 гг.), объединившем Грузию, в систему укрепления крепости входила также Херкская (Сагурамская) крепость; здесь находились гарнизоны хорепископа Кахети Квирике IV (1084–1102 гг.) и союзных ему турок. В 1101 г. царь, выиграв битву у реки Арагви, взял крепость. В течение года овладев Кахети, Давид IV смог за два последующих года освободить и занятый турками Тбилиси. Крепостные сооружения сложены из кирпича и тёсаного камня, в юго-западной части крепости были двухэтажные ниши. Площадь позволяла укрыться 6 тыс. человек. Сохранились фрагменты жилых помещений, за оградой найдены врытые в землю квеври – кувшины для хранения вина.