В «Житии...» уточняется, что преподобный «по правилу затворничества» не стал возводить для себя келью, а «нашёл небольшую пещеру возле расселины в скале, в которой подвизался и в которой исполнил иноческое житие по вере своей» в течение 30 лет. К подвижникам приходило много больных, получавших исцеления. По просьбе католикоса Иоанн благословил своих учеников Иесея Цилканского и Авива Некресского, ставших святителями, занять опустевшие Цилканскую и Некресскую кафедры. Братия монастыря умножалась. Однажды преподобный увидел во сне Пресвятую Богородицу и равноапостольную Нину, повелевших ему разослать учеников для проповеди в разные уголки Грузии. Каждый из них, кроме ревнителя отшельнической жизни Шио Мгвимского, взял с собой послушника, и они разошлись по Картли и Кахети, где основывали монастыри. В Зедазени остались только преподобный Иоанн и дьякон Илия. Ученик Иоанна Фаддей Степанацминдский (в источнике – Тата) основал монастырь у подножия горы в так называемой Нижней Задени – считается, что это может быть трёхцерковная базилика «Касури» (от груз. – осёлок), во имя великомученика Георгия. Место, где подвизался преподобный Иоанн, стали называть Зеда-Задени (груз. Верхний Задени), позже – Зедазени. В «Житии...» рассказывается, что св. Илия был вынужден носить воду в Зедазени из Арагви. Преподобный Иоанн испросил в молитве «подать» на горе источник воды, которая впоследствии оказалась целебной. Позже для её сбора в 5 м от церкви был сооружён небольшой резервуар. Иоанн получил откровение о времени своей кончины и завещал св. Илии, принявшему настоятельство в Зедазени, и преподобному Фаддею похоронить его в пещере на горе, там, где он совершал духовные подвиги. Однако ученики «соорудили честную раку» для мощей преподобного и погребли святого в основанном Фаддеем монастыре Нижний Задени. Случилось землетрясение, и ученики решили выполнить завещание Иоанна: «С большими почестями отнести раку на место его подвижничества и положить там его святые мощи в той же самой раке». Предположительно в конце VI – начале VII вв. на этом месте была выстроена церковь, при которой был погребён св. Илия. Согласно «Житию...», «спустя многие лета святой католикос Климент по восточную сторону от церкви воздвиг другую церковь – во имя св. Иоанна Предтечи». По мнению исследователей, речь идёт о ныне существующем храме, поскольку его архитектура позволяет им датировать церковное здание VIII в., что совпадает со временем правления католикоса Картли Климента (770 гг.). Новая церковь занимала большую площадь, чем предыдущая, и таким образом, мощи Иоанна оказались погребёнными под спудом возле жертвенника. Согласно письменным источникам, в первой половине IX в. настоятель Гавриил пристроил к храму притвор. «Житие...» свидетельствует, что строительство в монастыре продолжалось при настоятеле Михаиле (была построена ризница, «вместе с усыпальницей выстроен придел»), настоятель Захария «возвеличил храм», Самуил «воздвиг каменный винный погреб». В IX в. на территории Зедазени арабы убили Иоанна Зедазнийского. С 1479 г. Зедазени и монастырь Шиомгвиме были семейными усыпальницами владетельных феодалов Зедгенидзе и Гурамишвили; в центре церкви погребён Гиви Гурамишвили, дядя супруги Илии Чавчавадзе Ольги.