При епархиальном управлении действуют комиссия по религиозному образованию и катехизации, миссионерский отдел, отдел по делам милосердия, комиссия по подготовке материалов для канонизации святых, цензурная комиссия. В Запорожье открыты двухгодичные курсы катехизаторов, курсы регентов-псаломщиков, почти при каждом храме существует воскресная школа, для преподавателей проводятся ежеквартальные семинары. При кафедральном Свято-Андреевском соборе открыта иконописная школа. С 1992 г. епархиальное управление издаёт газету «Летопись Православия» (до 1998 г. – «Запорожье православное»), с 1994 г. Мелитопольское благочиние выпускает журнал «Колокол». 26 июля 2007 г. в Запорожье открылась епархиальная публичная библиотека. По благословению правящего архиерея сотрудники миссионерского отдела проводят Рождественские и Покровские чтения, в рамках которых обсуждаются актуальные вопросы современной церковной жизни. В Запорожском государственном институте муниципального управления создана кафедра теологии, в ряде высших учебных заведений Запорожья студенты изучают основы богословских наук, преподавание ведут священнослужители Запорожской и Мелитопольской епархии, в том числе архиепископ Василий. В школах районных центров Запорожской области введён предмет «основы православной культуры». В 2007 г. в Запорожье прошла всеукраинская научно-практическая конференция «Преподавание основ православной культуры в начальном обучении: научные принципы и пути реализации», организованная Запорожской и Мелитопольской епархией, Министерством образования и науки Украины, образовательными учреждениями Украины. По результатам конференции Запорожское епархиальное управление в августе того же года провело межрегиональные курсы по подготовке преподавателей курса «основы православной культуры и христианской этики». 23–24 июля 2007 г. по благословению архиепископа Василия епархиальный отдел церковной археологии и истории совместно с областным краеведческим музеем, Музеем запорожского казачества на острове Хортица, областной научной библиотекой и областным архивом провёл конференцию «Святыни Запорожья». С 2005 г. в Запорожье по благословению архиепископа Василия проходит пасхальный Межрегиональный фестиваль духовной музыки «Христос воскресе!», в котором принимают участие музыкальные коллективы Центральной и Восточной Украины. В епархии ведётся активная миссионерская работа, направленная на борьбу с деструктивными культами и тоталитарными сектами, действует Всеукраинский центр помощи жертвам деструктивных сект «Диалог». Архиепископ Василий, возглавляющий миссионерский отдел, проводит диспуты и беседы с представителями различных конфессий и сект. На местном телевидении выходит еженедельная программа «Колокола православия», в которой архиепископ Василий отвечает на вопросы телезрителей; регулярно в прямом утреннем эфире выступают запорожские священники.