В 1812 г. Заиконоспасский монастырь был разграблен французами, оставшиеся монахи и ученики академии подвергались притеснениям и унижениям. Так, иеромонаха Виктора схватили, раздели донага, «прогнали» по Красной площади и сбросили в реку Москву. Престарелого иеродиакона Вонифатия раздели, набросили на тело св. покров и привели в Кремль «на потеху» маршалу Иоахиму Мюрату и его свите. В 1813 г. в Заиконоспасском монастыре проживали архимандрит, шесть иеромонахов, два иеродиакона, белый священник и четыре послушника, в 1851 г. – архимандрит, иеросхимонах, девять иеромонахов, пять иеродиаконов, девять рясофорных, а также двенадцать штатных служителей с семьями, в 1901 г. – архимандрит, казначей, шесть иеромонахов, четыре иеродиакона, пять монахов, девять послушников. В XVII–XVIII вв. Заиконоспасский монастырь посещали патриарх Иоаким (Савёлов), цари Алексей Михайлович, Фёдор Алексеевич, императрица Елизавета Петровна. В нижнем храме собора погребён строитель иеромонах Симеон Полоцкий. Над гробом высечена эпитафия (из 12 статей по «2 вирши» каждая), написанная его преемником Сильвестром (Медведевым). Также в Заиконоспасском монастыре похоронены основатель академии, иеромонах Иоанникий Лихуд (ум. в 1717 г.; надгробная надпись на греческом языке составлена его братом Софронием Лихудом), князь Гавриил Александрович Святополк-Четвертинский (ум. в 1702 г.), строитель и ректор академии игумен Палладий (Роговский), учитель философии В. Выговский (ум. в 1718 г.). О материальном обеспечении Заиконоспасского монастыря впервые свидетельствуют документы XVII в.: обитель не владела населёнными землями, главной статьёй её дохода было ружное жалованье. На 1660 гг. в делах Тайного приказа сохранились сведения о царских поминальных вкладах (выдавались осётрами, тешей других рыб) по царице Марии Ильиничне, урождённой Милославской. Вместе с тем с 1634 по 1676 гг. Заиконоспасский монастырь платил по окладу дань в 3 алтына. По указу от 30 июля 1676 г. патриарха Московского и всея Руси Иоакима прекращалось не только взыскание с монастыря церковных денег и казённых пошлин за прошлые годы, но и взимание церковной дани вообще, предписывалось монастырю «из окладу выложить» и далее в приходную книгу не писать. Во второй половине XVII в. строитель Симеон Полоцкий принимает ряд мер для улучшения положения насельников, с этой целью он завёл «синодик обители Всемилостивого Спаса, сущия за Иконным рядом» и в особой пространной речи приглашал православных делать вклады по умершим: «Являйте убо милость умершим вашим жертвы святыя о спасении душ их приношением и иными всяческими благотвореньми: а они вашим пособием помилования умолят у Господа Бога милость и жизнь вечную душам вашим!» С той же целью Симеон составил обширное стихотворение «Моление увещательное и увещание молитвенное», в котором, подробно описав святыню Заиконоспасского монастыря – икону Нерукотворного Спаса, призывал паству к пожертвованиям. В одном из стихотворений Симеон просил царя обратить внимание «на убогую Спасову обитель». В бумагах Симеона встречались сведения, что подчинённая ему обитель имела в это время полное обеспечение благодаря особенному вниманию к ней царя Фёдора Алексеевича.