В 1781 г. после разборки обветшавшей ограды между колокольней и Греческим монастырём в Заиконоспасском монастыре был построен двухэтажный корпус. В фундаменте этого корпуса были проложены белокаменные трубы для стока воды с Никольской ул. через территорию обители в Неглинку. На нижнем этаже корпуса находились конюшня и каретный сарай, на втором этаже – две кельи с сенями. На рубеже XIX и XX вв. по новой красной линии Никольской ул. было построено два монументальных дома, сохранившиеся до настоящего времени. К западу от школьных ворот возведён Торговый дом (1899–1901 гг., архитектор Михаил Тимофеевич Преображенский) в русском стиле, декором и высокими кровлями схожий с расположенным на противоположной стороне улицы зданием Верхних торговых рядов (1890–1893 гг., архитектор Александр Никанорович Померанцев). Восточнее в том же стиле, но в варианте, имитирующем нарышкинские формы, построили доходный дом монастыря (1900 г., архитектор Зиновий Иванович Иванов); над встроенным в центральную часть фасада проёмом св. ворот (ныне заложен) была возведена колокольня (верх разобран в 1924 г.), которая копировала завершение колокольни московского храма Успения на Покровке (1696–1699 гг.; не сохранилась). Дома полностью отделили обитель от улицы и значительно уменьшили пространство двора. Монастырская ризница серьёзно пострадала при пожаре 1737 г. и при французах в 1812 г. Cверка ризничного имущества, проведённая архимандритом Симеоном в 1813 г., свидетельствовала об утрате большого числа икон, драгоценных окладов и серебряных крестов. Среди сохранившихся к концу XIX в. реликвий – сребровызолоченный крест с 420 частицами мощей святых, частица ризы Господней в серебряном медальоне, антиминс 1715 г., освящённый Местоблюстителем Патриаршего престола Стефаном (Яворским), икона Успения Божьей Матери, серебряный вызолоченный крест (с мощами неизвестных святых) с надписью: «Лета 7198 марта в 30 день сий животворящий крест церкви великомученика Селунского Димитрия, что у Гостиного Двора на лавках, а сделан из церковного серебра, а то серебро снято с местной большой иконы Спаса Вседержителя». Библиотека Заиконоспасского монастыря, описания которой сохранились за концом XVII – XVIII вв., существенно пострадала в 1812 г., из 202 книг 50 было утрачено. Среди них – Евангелие (М., 1628 г.), Евангелие «выходу патриарха Иосифа» (М., 1644 г.), «Библия на русском языке старопечатная в волынской земле в городе Остроге» (М., 1663 г.), Новый Завет (СПб., 1767 г.), издания богословских сочинений Симеона Полоцкого, а также рукописный синодик монастыря. Все шесть напрестольных Евангелий были «передраны и серебро похищено неприятелем». После перевода академии в Троице-Сергиеву лавру архив и книжное собрание были перевезены в Московскую духовную академию. В воспоминание о возобновлении в 1742 г. сгоревшего храма ежегодно 15 июля совершалось торжественное богослужение. Указом Святейшего Синода от 20 сентября 1761 г. архимандритам Заиконоспасского монастыря дозволялось иметь мантию со скрижалями и посох с яблоками. В XVII в. Заиконоспасским монастырём управляли строители и игумены.